PDB-8kga: SlNDPS1-AtcPT4 Chimera

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kga

タイトル

SlNDPS1-AtcPT4 Chimera

要素

Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2

キーワード

TRANSFERASE / cis-prenyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

dimethylallylcistransferase / dimethylallylcistransferase activity / plastid membrane organization / polyprenyltransferase activity / polyprenol biosynthetic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / prenyltransferase activity / chloroplast stroma / protein glycosylation / response to cold ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Solanum lycopersicum (トマト)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.182 Å

データ登録者

Suenaga-Hiromori, M. / Ishii, T. / Imaizumi, R. / Takeshita, K. / Yanai, T. / Matsuura, H. / Sakai, N. / Yamaguchi, H. / Yanbe, F. / Waki, T. ...

資金援助

日本, 5件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23H05470	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101070	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22K19143	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	22KJ1466	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20H02909	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biosynthesising various rubber-like polymers by reconstituting prenyltransferases on Hevea rubber particles: molecular and structural bases of the versatile system
著者: Suenaga-Hiromori, M. / Ishii, T. / Imaizumi, R. / Takeshita, K. / Yanai, T. / Matsuura, H. / Sakai, N. / Mikami, T. / Takahashi, T. / Minakawa, C. / Yamaguchi, H. / Yanbe, F. / Waki, T. / ...

履歴

登録	2023年8月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kga.cif.gz	115.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kga.ent.gz	84.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2

B: Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2

ヘテロ分子

61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.110, 90.107, 126.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 53 - 297 / Label seq-ID: 11 - 255

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Dimethylallylcistransferase CPT1, chloroplastic,Dehydrodolichyl diphosphate synthase 2 / Cis-prenyltransferase 1 / SlCPT1 / Neryl-diphosphate synthase 1 分子量: 30403.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト), (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: CPT1, NDPS1, At5g58770, CPT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: C1K5M2, UniProt: Q56Y11, dimethylallylcistransferase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: Sodium malonate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 465239 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 9.74
反射シェル	解像度: 2.18→2.31 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 10711 / CC_1/2: 0.576 / R_rim(I) all: 3.06 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
DIALS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.182→48.883 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 8.268 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	1783	5.055 %
R_work	0.2033	33488	-
all	0.206	-	-
obs	-	35271	99.878 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.667 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.049 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.911 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.182→48.883 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3767	0	40	61	3868

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.275	1.642	5270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.421	1.574	8822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.927	5	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	2.427	5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.502	10	750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.502	10	184
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4481
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2176
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.011	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.26	6.759	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.261	6.754	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.535	12.084	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.533	12.088	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.427	7.424	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.425	7.425	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.496	13.328	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.495	13.328	2891
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.884	65.76	4288
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.883	65.763	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.154	0.05	6715

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15375	0.05006
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15375	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.182-2.238	0.423	157	0.401	2381	0.402	2564	0.856	0.848	98.986	0.396
2.238-2.3	0.356	128	0.368	2352	0.367	2483	0.873	0.866	99.8792	0.353
2.3-2.366	0.342	121	0.318	2324	0.319	2446	0.901	0.899	99.9591	0.302
2.366-2.439	0.326	110	0.311	2260	0.312	2372	0.9	0.91	99.9157	0.288
2.439-2.519	0.31	109	0.273	2179	0.275	2288	0.923	0.937	100	0.243
2.519-2.607	0.288	127	0.244	2075	0.247	2203	0.94	0.953	99.9546	0.211
2.607-2.705	0.258	121	0.243	2030	0.244	2154	0.957	0.959	99.8607	0.209
2.705-2.815	0.291	89	0.23	2007	0.232	2096	0.948	0.965	100	0.194
2.815-2.94	0.265	92	0.216	1905	0.219	1997	0.956	0.968	100	0.184
2.94-3.083	0.276	105	0.209	1811	0.213	1916	0.953	0.971	100	0.183
3.083-3.249	0.288	77	0.206	1747	0.209	1824	0.95	0.973	100	0.181
3.249-3.445	0.251	94	0.214	1627	0.216	1721	0.964	0.973	100	0.196
3.445-3.681	0.262	77	0.198	1554	0.201	1631	0.964	0.979	100	0.185
3.681-3.974	0.267	74	0.197	1443	0.2	1517	0.953	0.976	100	0.187
3.974-4.351	0.222	69	0.166	1331	0.17	1400	0.971	0.982	100	0.168
4.351-4.86	0.19	63	0.144	1241	0.146	1304	0.978	0.987	100	0.156
4.86-5.602	0.221	55	0.157	1081	0.16	1136	0.972	0.987	100	0.178
5.602-6.839	0.245	51	0.206	927	0.208	978	0.967	0.975	100	0.222
6.839-9.578	0.222	40	0.17	756	0.172	796	0.968	0.982	100	0.209
9.578-48.883	0.167	24	0.203	457	0.202	484	0.977	0.967	99.3802	0.264

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