PDB-8kg1: Crystal structure of the cargo cysteine desulfurase from Mycobact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kg1

タイトル

Crystal structure of the cargo cysteine desulfurase from Mycobacterium smegmatis

要素

cysteine desulfurase

キーワード

TRANSFERASE / cargo protein / cysteine desulfurase

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / cysteine metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Liu, X. / Tang, Y. / Liu, Y. / Ma, M. / Gao, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the cargo cysteine desulfurase from Mycobacterium smegmatis
著者: Liu, X. / Tang, Y.

履歴

登録	2023年8月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kg1.cif.gz	343.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kg1.ent.gz	277.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kg1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/8kg1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cysteine desulfurase

B: cysteine desulfurase

93 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.092, 112.092, 120.813
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-702- HOH
2	1	B-808- HOH

#1: タンパク質	cysteine desulfurase 分子量: 46524.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 遺伝子: MSMEI_4425 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 参照: UniProt: I7GDP6, cysteine desulfurase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: The reservoir solution consisted of 0.1mM Bis-Tris pH6.5 and 9-24%w/v PEG10000. Protein crystals grew by vapor diffusion at 16℃ in sitting drops. Yellow crystals with a hexagonal ...詳細: The reservoir solution consisted of 0.1mM Bis-Tris pH6.5 and 9-24%w/v PEG10000. Protein crystals grew by vapor diffusion at 16℃ in sitting drops. Yellow crystals with a hexagonal morphology appeared within 24 h and reached their full size after 5-7 days. PH範囲: 6.5-7.5

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.76 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: The reservoir solution consisted of 0.1mM Bis-Tris pH6.5 and 9-24%w/v PEG10000. Protein crystals grew by vapor diffusion at 16℃ in sitting drops. Yellow crystals with a hexagonal ...
PH範囲: 6.5-7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 1.03845 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月12日

放射

モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03845 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 51350 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.137 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.141 / Χ²: 0.943 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 957416

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
2.1-2.14	17.4	1.74	2550	0.89	0.971	0.429	1.793	0.841
2.14-2.18	18.4	1.493	2530	0.916	0.978	0.359	1.536	0.856
2.18-2.22	17.9	1.183	2532	0.932	0.982	0.287	1.218	0.856
2.22-2.26	17.7	0.982	2504	0.954	0.988	0.24	1.011	0.898
2.26-2.31	19	0.791	2571	0.962	0.99	0.187	0.813	0.888
2.31-2.37	18.9	0.74	2518	0.973	0.993	0.171	0.76	0.937
2.37-2.42	18.7	0.541	2548	0.974	0.993	0.129	0.557	0.894
2.42-2.49	18.4	0.438	2573	0.983	0.996	0.105	0.451	0.907
2.49-2.56	17.6	0.35	2520	0.986	0.996	0.086	0.361	0.914
2.56-2.65	19	0.295	2556	0.984	0.996	0.07	0.304	0.933
2.65-2.74	18.2	0.237	2558	0.991	0.998	0.057	0.244	0.919
2.74-2.85	19.2	0.194	2552	0.993	0.998	0.045	0.199	0.941
2.85-2.98	19.5	0.165	2544	0.993	0.998	0.038	0.169	0.941
2.98-3.14	19.4	0.143	2562	0.995	0.999	0.033	0.147	1.002
3.14-3.33	18.6	0.128	2578	0.994	0.998	0.03	0.132	1.044
3.33-3.59	19.2	0.117	2588	0.996	0.999	0.027	0.12	1.088
3.59-3.95	19.7	0.104	2577	0.995	0.999	0.024	0.107	1.047
3.95-4.52	19.4	0.097	2596	0.996	0.999	0.022	0.099	0.983
4.52-5.7	18.6	0.087	2645	0.996	0.999	0.021	0.09	0.856
5.7-50	18.1	0.075	2748	0.996	0.999	0.018	0.077	1.078

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→45.04 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1855	2605	5.08 %
R_work	0.1492	-	-
obs	0.1511	51305	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6225	0	0	529	6754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	8737
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.826	906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	977
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1153

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.14	0.2164	95	0.1769	2467	X-RAY DIFFRACTION	95
2.14-2.18	0.2052	164	0.1763	2495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.23	0.2219	160	0.1661	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.28	0.2163	150	0.1594	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.33	0.1977	127	0.1568	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.39	0.204	161	0.1559	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.45	0.2059	136	0.1561	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.52	0.2101	140	0.1571	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.6	0.1714	125	0.15	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.7	0.1988	123	0.1476	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.81	0.1864	151	0.1482	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.93	0.1916	114	0.1535	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.09	0.1881	135	0.1458	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.28	0.2164	150	0.1502	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.53	0.1755	112	0.1449	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.89	0.1691	156	0.1353	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.89-4.45	0.1458	136	0.1293	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-5.6	0.1491	114	0.1421	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.61-45.04	0.1956	156	0.1619	2725	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -45.7343 Å / Origin y: 60.2486 Å / Origin z: -18.4209 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0912 Å²	0.0477 Å²	0.0229 Å²	-	0.166 Å²	0.0062 Å²	-	-	0.1118 Å²
L	1.0103 °²	0.3908 °²	0.0264 °²	-	0.5468 °²	0.0124 °²	-	-	0.7538 °²
S	0.0539 Å °	-0.0636 Å °	-0.0785 Å °	0.0381 Å °	-0.0284 Å °	-0.0087 Å °	-0.1692 Å °	-0.0882 Å °	-0.0154 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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