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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kfp | ||||||
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タイトル | Solution structure of Drosophila melanogaster R2D2 dsRBD1 | ||||||
![]() | R2D2 | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / RNAi / siRNA / Dicer-2 / dsRNA | ||||||
機能・相同性 | ![]() follicle cell of egg chamber stalk formation / regulatory ncRNA processing / regulation of regulatory ncRNA processing / RISC-loading complex / RISC complex assembly / siRNA binding / siRNA processing / RISC complex / double-stranded RNA binding / defense response to virus ...follicle cell of egg chamber stalk formation / regulatory ncRNA processing / regulation of regulatory ncRNA processing / RISC-loading complex / RISC complex assembly / siRNA binding / siRNA processing / RISC complex / double-stranded RNA binding / defense response to virus / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
Model details | MODEL GENERATED BY ROSETTA VERSION 2021.16+release.8ee4f02 | ||||||
![]() | Aute, R. / Deshmukh, M.V. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Key arginine residues in R2D2 dsRBD1 and dsRBD2 lead the siRNA recognition in Drosophila melanogaster RNAi pathway. 著者: Aute, R. / Waghela, N. / Deshmukh, M.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 201.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 164 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 558.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11311.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: dsRBD1 of R2D2 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: r2d2 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 150 mM / Label: conditions _1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |