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- PDB-8kfi: Crystal structure of sperm whale myoglobin (F43A/H64I mutant) rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kfi
タイトルCrystal structure of sperm whale myoglobin (F43A/H64I mutant) reconstituted with manganese porphycene
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE / globin fold / oxygen transport / muscles
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PORPHYCENE CONTAINING MN / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Mizohata, E. / Oohora, K. / Hayashi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Chem Lett. / 年: 2024
タイトル: Rational design of an artificial ethylbenzene hydroxylase using a molecular dynamics simulation to enhance enantioselectivity.
著者: Oohora, K. / Kagawa, Y. / Nishiura, T. / Mizohata, E. / Schwaneberg, U. / Hayashi, T.
履歴
登録2023年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22025年9月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
B: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,96716
ポリマ－38,5752
非ポリマー2,39214
水2,054114
1
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4838
ポリマ－19,2871
非ポリマー1,1967
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4838
ポリマ－19,2871
非ポリマー1,1967
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.692, 79.160, 104.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: -5 - 153 / Label seq-ID: 12 - 170

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 19287.312 Da / 分子数: 2 / 変異: F43A,H64I, D123N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HNN / PORPHYCENE CONTAINING MN


分子量: 619.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36MnN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl buffer at pH 8.2, 4% acetone and 10% trehalose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 19766 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.56 % / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / Num. unique obs: 19766 / CC1/2: 0.534 / Rsym value: 1.644

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→43.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 21.995 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1038 5.3 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 18681 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2---1.68 Å20 Å2
3---2.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→43.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2524 0 146 114 2784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0122754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.171.6833740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0195322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3223.5120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.05515504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.408158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2374.3631276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2186.5271593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0425.1711478
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.06282.06111878
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 5129 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.43 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 73 -
Rwork0.333 1366 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06090.04790.1481.5536-0.65811.60990.0506-0.05550.10660.1495-0.08430.0926-0.0195-0.01450.03370.1334-0.0039-0.01490.01340.0160.2339-4.338-15.360326.6194
21.0308-0.1261-0.38591.0299-0.03350.75810.0023-0.06750.0009-0.169-0.0544-0.1612-0.02480.11350.05220.13670.0066-0.00770.01990.02180.24829.8578-6.11479.6306
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-5 - 153
2X-RAY DIFFRACTION2B-5 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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