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- PDB-8kfd: Ferritin drug carrier(FDC) for encapsulated platinum (IV) prodrug... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kfd
タイトルFerritin drug carrier(FDC) for encapsulated platinum (IV) prodrug for esophageal squamous cell carcinoma targeted therapy
要素Ferritin heavy chain, N-terminally processed
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ferritin / drug carrier / carcinoma therapy
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation ...iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / autophagosome / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / immune response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chen, X.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2102900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1201102 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000996 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ferritin drug carrier(FDC) for encapsulated platinum (IV) prodrug for esophageal squamous cell carcinoma targeted therapy
著者: Jiang, B. / Chen, X. / Fan, K.
履歴
登録2023年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,13421
ポリマ－21,1241
非ポリマー1,01020
水4,161231
1
A: Ferritin heavy chain, N-terminally processed
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)531,222504
ポリマ－506,98724
非ポリマー24,235480
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area97800 Å2
ΔGint-1217 kcal/mol
Surface area141110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.450, 183.450, 183.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Space group name HallF423
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-z,y
#3: x,z,-y
#4: z,y,-x
#5: -z,y,x
#6: -y,x,z
#7: y,-x,z
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y,-z,x
#11: z,-x,-y
#12: -y,z,-x
#13: -z,-x,y
#14: -z,x,-y
#15: y,-z,-x
#16: x,-y,-z
#17: -x,y,-z
#18: -x,-y,z
#19: y,x,-z
#20: -y,-x,-z
#21: z,-y,x
#22: -z,-y,-x
#23: -x,z,y
#24: -x,-z,-y
#25: x,y+1/2,z+1/2
#26: x,-z+1/2,y+1/2
#27: x,z+1/2,-y+1/2
#28: z,y+1/2,-x+1/2
#29: -z,y+1/2,x+1/2
#30: -y,x+1/2,z+1/2
#31: y,-x+1/2,z+1/2
#32: z,x+1/2,y+1/2
#33: y,z+1/2,x+1/2
#34: -y,-z+1/2,x+1/2
#35: z,-x+1/2,-y+1/2
#36: -y,z+1/2,-x+1/2
#37: -z,-x+1/2,y+1/2
#38: -z,x+1/2,-y+1/2
#39: y,-z+1/2,-x+1/2
#40: x,-y+1/2,-z+1/2
#41: -x,y+1/2,-z+1/2
#42: -x,-y+1/2,z+1/2
#43: y,x+1/2,-z+1/2
#44: -y,-x+1/2,-z+1/2
#45: z,-y+1/2,x+1/2
#46: -z,-y+1/2,-x+1/2
#47: -x,z+1/2,y+1/2
#48: -x,-z+1/2,-y+1/2
#49: x+1/2,y,z+1/2
#50: x+1/2,-z,y+1/2
#51: x+1/2,z,-y+1/2
#52: z+1/2,y,-x+1/2
#53: -z+1/2,y,x+1/2
#54: -y+1/2,x,z+1/2
#55: y+1/2,-x,z+1/2
#56: z+1/2,x,y+1/2
#57: y+1/2,z,x+1/2
#58: -y+1/2,-z,x+1/2
#59: z+1/2,-x,-y+1/2
#60: -y+1/2,z,-x+1/2
#61: -z+1/2,-x,y+1/2
#62: -z+1/2,x,-y+1/2
#63: y+1/2,-z,-x+1/2
#64: x+1/2,-y,-z+1/2
#65: -x+1/2,y,-z+1/2
#66: -x+1/2,-y,z+1/2
#67: y+1/2,x,-z+1/2
#68: -y+1/2,-x,-z+1/2
#69: z+1/2,-y,x+1/2
#70: -z+1/2,-y,-x+1/2
#71: -x+1/2,z,y+1/2
#72: -x+1/2,-z,-y+1/2
#73: x+1/2,y+1/2,z
#74: x+1/2,-z+1/2,y
#75: x+1/2,z+1/2,-y
#76: z+1/2,y+1/2,-x
#77: -z+1/2,y+1/2,x
#78: -y+1/2,x+1/2,z
#79: y+1/2,-x+1/2,z
#80: z+1/2,x+1/2,y
#81: y+1/2,z+1/2,x
#82: -y+1/2,-z+1/2,x
#83: z+1/2,-x+1/2,-y
#84: -y+1/2,z+1/2,-x
#85: -z+1/2,-x+1/2,y
#86: -z+1/2,x+1/2,-y
#87: y+1/2,-z+1/2,-x
#88: x+1/2,-y+1/2,-z
#89: -x+1/2,y+1/2,-z
#90: -x+1/2,-y+1/2,z
#91: y+1/2,x+1/2,-z
#92: -y+1/2,-x+1/2,-z
#93: z+1/2,-y+1/2,x
#94: -z+1/2,-y+1/2,-x
#95: -x+1/2,z+1/2,y
#96: -x+1/2,-z+1/2,-y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

CA

21A-206-

CL

31A-214-

CL

41A-218-

MG

51A-301-

HOH

61A-325-

HOH

71A-518-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ferritin heavy chain, N-terminally processed


分子量: 21124.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated: The first four residues and the last six residues are flexible and have no electron density in the structure.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase

-
非ポリマー , 6種, 251分子

#2: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 1.6-1.9 M MgCl2 and 0.1 M Bicine pH 9.0 / Temp details: 291-293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→37.45 Å / Num. obs: 25088 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 21.41 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 6.84
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2434 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.579 / % possible all: 99.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALS1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→35.3 Å / SU ML: 0.0907 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.1902
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1656 1257 5.02 %
Rwork0.1534 23798 -
obs0.154 25055 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1413 0 35 231 1679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01211645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5572238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0595229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3811662
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.870.18561260.15622609X-RAY DIFFRACTION99.89
1.87-1.960.19511300.15022558X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.060.17131280.14682616X-RAY DIFFRACTION99.89
2.06-2.190.19121510.14542548X-RAY DIFFRACTION99.96
2.19-2.360.15741330.15142658X-RAY DIFFRACTION99.93
2.36-2.60.18661430.16322621X-RAY DIFFRACTION99.93
2.6-2.970.17131480.15942632X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.740.15961490.14062692X-RAY DIFFRACTION99.96
3.74-35.30.14741490.16022864X-RAY DIFFRACTION99.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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