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万見
- PDB-8kem: PKS domains-fused AmpC EC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kem
タイトルPKS domains-fused AmpC EC2
要素SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase,Beta-lactamase
キーワードPROTEIN BINDING / trans-AT PKS docking domain / Macrolactin / fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / fatty acid biosynthetic process / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / RhiE-like, KS-MAT linker domain / CurL-like, PKS C-terminal / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH ...: / Beta-ketoacyl synthase-like, N-terminal / RhiE-like, KS-MAT linker domain / CurL-like, PKS C-terminal / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Beta-lactamase, class-C active site / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Beta-lactamase class-C active site. / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / : / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / : / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase / SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76998285856 Å
データ登録者Son, S.Y. / Bae, D.W. / Cha, S.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural investigation of the docking domain assembly from trans-AT polyketide synthases.
著者: Son, S.Y. / Bae, D.W. / Kim, E. / Jeong, B.G. / Kim, M.Y. / Youn, S.Y. / Yi, S. / Kim, G. / Hahn, J.S. / Lee, N.K. / Yoon, Y.J. / Cha, S.S.
履歴
登録2023年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase,Beta-lactamase
B: SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase,Beta-lactamase
C: SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase,Beta-lactamase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,1063
ポリマ－142,1063
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: electron density map
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area50710 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)108.470, 248.860, 153.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETPROPRO(chain A and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...AA32 - 3732 - 37
12GLNGLNVALVAL(chain A and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...AA39 - 4439 - 44
13ARGARGGLNGLN(chain A and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...AA46 - 5546 - 55
14ILEILEGLNGLN(chain A and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...AA57 - 6757 - 67
15PROPROTHRTHR(chain A and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...AA70 - 12970 - 129
16GLNGLNTRPTRP(chain A and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...AA132 - 170132 - 170
17PROPROASPASP(chain A and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...AA172 - 277172 - 277
18THRTHRASNASN(chain A and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...AA279 - 321279 - 321
19ILEILEGLYGLY(chain A and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...AA323 - 394323 - 394
210METMETPROPRO(chain B and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...BB32 - 3732 - 37
211GLNGLNVALVAL(chain B and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...BB39 - 4439 - 44
212ARGARGGLNGLN(chain B and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...BB46 - 5546 - 55
213ILEILEGLNGLN(chain B and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...BB57 - 6757 - 67
214PROPROTHRTHR(chain B and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...BB70 - 12970 - 129
215GLNGLNTRPTRP(chain B and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...BB132 - 170132 - 170
216PROPROASPASP(chain B and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...BB172 - 277172 - 277
217THRTHRASNASN(chain B and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...BB279 - 321279 - 321
218ILEILEGLYGLY(chain B and (resseq 32:33 or (resid 34 and (name...BB323 - 394323 - 394

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要素

#1: タンパク質 SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase,Beta-lactamase


分子量: 47368.711 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: RBAM_014350, ampC, RBAM_014340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A7Z472, UniProt: B7SNP8, UniProt: A7Z471, beta-lactamase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 20mM MgCl2, 100mM sodium citrate/citric acid, and 40% polyethylene glycol 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76998285856→30 Å / Num. obs: 53091 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 80.2579496529 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.77→2.84 Å / Num. unique obs: 3749 / CC1/2: 0.753

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.76998285856→29.3686176065 Å / SU ML: 0.471870143529 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35607744589 / 位相誤差: 29.2528528513
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265517589743 2655 5.00122440522 %
Rwork0.228881857788 50432 -
obs0.230729608144 53087 99.9472841947 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.9844387744 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76998285856→29.3686176065 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9464 0 0 0 9464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00248121986689712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60940824990913261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04285337126281452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004894594325191723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.04042154685729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.82030.4110180620441360.3757575339792583X-RAY DIFFRACTION99.8897869214
2.8203-2.87450.3692181876061380.3368213837992620X-RAY DIFFRACTION99.9637549837
2.8745-2.93310.3695628888151390.3175781584952645X-RAY DIFFRACTION99.9640933573
2.9331-2.99690.3914856642961380.3167997754772619X-RAY DIFFRACTION99.9637418419
2.9969-3.06650.3140809126331370.2959318938252610X-RAY DIFFRACTION99.9636098981
3.0665-3.14310.365338619851400.2846807447412642X-RAY DIFFRACTION99.964067553
3.1431-3.2280.3084750689221380.2669571491682633X-RAY DIFFRACTION100
3.228-3.32280.320124371571400.2775115062512650X-RAY DIFFRACTION99.9283667622
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3.5523-3.69430.2593878431231390.2351847562932652X-RAY DIFFRACTION100
3.6943-3.86210.2797477299471400.2320526040272655X-RAY DIFFRACTION100
3.8621-4.06520.3004372099661390.2331489892082629X-RAY DIFFRACTION100
4.0652-4.31920.2518432773751400.2086770648032661X-RAY DIFFRACTION99.9643112063
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7.3546-29.37030.2185796195911490.1916306260142818X-RAY DIFFRACTION99.731092437

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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