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- PDB-8kel: Structure of DexA reveal the novel Mechanism of DNA catalysis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kel
タイトルStructure of DexA reveal the novel Mechanism of DNA catalysis
要素Exodeoxyribonuclease
キーワードDNA BINDING PROTEIN / chlorinase / SAM / ClDA / FDA / ANTIBIOTIC / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性3'-5' exoribonuclease Rv2179c-like domain / 3'-5' exoribonuclease Rv2179c-like domain / exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Ribonuclease H-like superfamily / Exodeoxyribonuclease
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli 0.1197 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Liu, Y.H. / Ma, B. / Kang, Y. / Liu, B. / Li, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172299 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of EXOD at 2.4 Angstroms resolution
著者: Liu, Y.H.
履歴
登録2023年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease
B: Exodeoxyribonuclease
C: Exodeoxyribonuclease
D: Exodeoxyribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9834
ポリマ－103,9834
非ポリマー00
水00
1
A: Exodeoxyribonuclease
B: Exodeoxyribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9912
ポリマ－51,9912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Exodeoxyribonuclease
D: Exodeoxyribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9912
ポリマ－51,9912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.548, 76.285, 108.009
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.951793382292, -0.278576918468, -0.128391035209), (-0.278492320202, -0.960250938354, 0.0189779603472), (-0.128574433748, 0.0176928202207, -0.991542020844)9.74156165566, 19.3261864035, 106.647569463
2given(0.981567799158, -0.176777388239, -0.0726251379569), (0.173818952974, 0.983736805375, -0.0452644378976), (0.0794457503153, 0.031806489248, 0.996331631536)44.6700384362, 19.9665920243, 54.1579481284

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要素

#1: タンパク質
Exodeoxyribonuclease


分子量: 25995.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 0.1197 (大腸菌) / 遺伝子: dexA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P04536
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.02M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→35.94 Å / Num. obs: 30240 / % possible obs: 95.96 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 70.54 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.25
反射 シェル解像度: 2.88→2.98 Å / Num. unique obs: 3066 / CC1/2: 0.704

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.88→35.94 Å / SU ML: 0.4335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.2548
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 1434 4.77 %
Rwork0.2225 28622 -
obs0.225 30056 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→35.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6550 0 0 0 6550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00896694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0829089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05841017
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00981186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2162891
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.88-2.980.37371530.29362913X-RAY DIFFRACTION99.16
2.98-3.10.35331550.2662942X-RAY DIFFRACTION99.65
3.1-3.240.38321750.2512929X-RAY DIFFRACTION99.65
3.24-3.420.31051400.23462959X-RAY DIFFRACTION99.61
3.42-3.630.26751150.22872929X-RAY DIFFRACTION97.72
3.63-3.910.2888990.23272166X-RAY DIFFRACTION72.55
3.91-4.30.26851550.20932921X-RAY DIFFRACTION98.84
4.3-4.920.24991360.19672931X-RAY DIFFRACTION97.43
4.92-6.20.29511420.24982956X-RAY DIFFRACTION98.73
6.2-35.940.2241640.19642976X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.1862326079 Å / Origin y: -1.2054905967 Å / Origin z: 27.4364867559 Å
111213212223313233
T0.436484056932 Å20.00673395690591 Å2-0.0334192892096 Å2-0.424626455137 Å20.0812569866822 Å2--0.583848421435 Å2
L1.0399000338 °2-0.407801180355 °2-1.42475055925 °2-0.73111742144 °20.804994313991 °2--2.73027672255 °2
S0.0143200064421 Å °0.1441208628 Å °0.142534477372 Å °-0.149855031297 Å °0.0390703105085 Å °-0.0765506234968 Å °-0.00960094792165 Å °-0.132486436774 Å °-0.0497581455539 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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