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- PDB-8ke7: Crystal structure of DNA binding and cleavage core of human topoi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ke7
タイトルCrystal structure of DNA binding and cleavage core of human topoisomerase 2-beta in a DNA binding-competent conformation
要素DNA topoisomerase 2-beta
キーワードDNA BINDING PROTEIN / eukaryotic DNA topoisomerase G-segment DNA binding cleavage center assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / cellular response to ATP / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins ...positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / sister chromatid segregation / resolution of meiotic recombination intermediates / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / cellular response to ATP / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA topological change / SUMOylation of DNA replication proteins / ribonucleoprotein complex binding / forebrain development / B cell differentiation / axonogenesis / cellular response to hydrogen peroxide / neuron migration / cellular senescence / ribonucleoprotein complex / chromatin binding / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DTHCT / DTHCT (NUC029) region / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A ...DTHCT / DTHCT (NUC029) region / DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / : / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA topoisomerase 2-beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chan, N.L. / Liu, K.T. / Chen, S.F.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science Council (NSC, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the assembly of type IIA topoisomerase DNA cleavage-religation center.
著者: Liu, K.T. / Chen, S.F. / Chan, N.L.
履歴
登録2023年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 2-beta
B: DNA topoisomerase 2-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,38811
ポリマ－183,8572
非ポリマー5319
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9440 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area61710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.719, 113.708, 209.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 449 through 469 or (resid 470...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 449 or (resid 450 through 452...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERTHRTHRAA449 - 70431 - 286
d_12THRTHRLEULEUAA706 - 780288 - 362
d_13METMETVALVALAA782 - 889364 - 471
d_14ASNASNASNASNAA891 - 961473 - 543
d_15ALAALALYSLYSAA968 - 1086550 - 668
d_16ASPASPGLNGLNAA1088 - 1091670 - 673
d_17LEULEUGLYGLYAA1093 - 1202675 - 784
d_21SERSERLEULEUBB449 - 78031 - 362
d_22METMETVALVALBB782 - 889364 - 471
d_23ASNASNLYSLYSBB891 - 1086473 - 668
d_24ASPASPGLNGLNBB1088 - 1091670 - 673
d_25LEULEUGLYGLYBB1093 - 1202675 - 784

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.989911645281, 0.0202387288177, 0.140233121594), (0.0197399308558, -0.960392462062, 0.277950812094), (0.140304204021, 0.277914937831, 0.950304171129)ベクター: 45. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.989911645281, 0.0202387288177, 0.140233121594), (0.0197399308558, -0.960392462062, 0.277950812094), (0.140304204021, 0.277914937831, 0.950304171129)
ベクター: 45.1034974542, -9.21542191766, -1.88363469002)

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要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 2-beta / DNA topoisomerase II / beta isozyme


分子量: 91928.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02880, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium acetate, calcium chloride dehydrate, sodium cacodylate trihydrate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.83 Å / Num. obs: 58573 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 55.27 Å2 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 11.69
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å / Num. unique obs: 5768 / CC1/2: 0.756

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.83 Å / SU ML: 0.3726 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0008
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 2000 3.42 %
Rwork0.1937 56510 -
obs0.1952 58510 98.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11445 0 36 144 11625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.810915869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00572054
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.33781571
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.713755707602 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.39281170.30533283X-RAY DIFFRACTION80.66
2.87-2.950.33151420.27864030X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.040.30671440.264068X-RAY DIFFRACTION99.98
3.04-3.130.31461430.24894047X-RAY DIFFRACTION99.98
3.13-3.250.30011450.24554083X-RAY DIFFRACTION99.91
3.25-3.370.25511430.22614061X-RAY DIFFRACTION99.86
3.37-3.530.28461440.21624073X-RAY DIFFRACTION99.95
3.53-3.710.26911450.21524093X-RAY DIFFRACTION99.86
3.71-3.940.24291450.19724091X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.240.19251440.16554092X-RAY DIFFRACTION99.84
4.24-4.670.19741470.14664105X-RAY DIFFRACTION99.72
4.67-5.330.20961460.15564137X-RAY DIFFRACTION99.4
5.33-6.670.21541480.18784196X-RAY DIFFRACTION99.95
6.67-19.830.18761470.16234151X-RAY DIFFRACTION95.77
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.459178797 Å / Origin y: 0.779163431208 Å / Origin z: 38.3662268254 Å
111213212223313233
T0.284781616907 Å2-0.00360666721014 Å20.00843051671671 Å2-0.440023811247 Å20.101596029611 Å2--0.42824763273 Å2
L0.520113166544 °20.0550524994613 °20.0141521578993 °2-0.555143603169 °20.26438370556 °2--0.45122084321 °2
S-0.0533889768589 Å °0.1593975772 Å °0.0320458829585 Å °-0.127223032907 Å °0.0233224416482 Å °0.101613306157 Å °-0.0867206001707 Å °-0.0454497544264 Å °0.0314601963787 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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