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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ke4 | ||||||||||||
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タイトル | PylRS C-terminus domain mutant bound with D-3-bromophenylalanine and AMPNP | ||||||||||||
要素 | Pyrrolysine--tRNA ligase | ||||||||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / tRNA Synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Methanosarcina mazei (メタノサルキナ属) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75050958755 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Weng, J.H. / Tsai, M.D. / Wang, Y.S. | ||||||||||||
資金援助 | 台湾, 3件
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引用 | ジャーナル: Front Genet / 年: 2023 タイトル: Rational design of the genetic code expansion toolkit for in vivo encoding of D-amino acids. 著者: Jiang, H.K. / Weng, J.H. / Wang, Y.H. / Tsou, J.C. / Chen, P.J. / Ko, A.A. / Soll, D. / Tsai, M.D. / Wang, Y.S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ke4.cif.gz | 86 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ke4.ent.gz | 55.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ke4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/8ke4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/8ke4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31999.602 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminus domain / 変異: N346G,C348Q,V401G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (メタノサルキナ属) 遺伝子: pylS, DU43_20175, DU67_18120 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F8JXW8, pyrrolysine-tRNAPyl ligase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ANP / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-FXF / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES buffer pH 7.5, 10% PEG 8000, 10% Ethylene Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→28.2 Å / Num. obs: 45530 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 24.3372328819 Å2 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 55.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZCE 解像度: 1.75050958755→28.1702948531 Å / SU ML: 0.151687980204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38114917239 / 位相誤差: 18.3268843451 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.2227081296 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75050958755→28.1702948531 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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