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- PDB-8kdg: Structure of LAT1-CD98hc-Fab170 in complex with BCH, consensus map -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kdg
タイトルStructure of LAT1-CD98hc-Fab170 in complex with BCH, consensus map
要素
  • 4F2 cell-surface antigen heavy chain
  • Fab170 heavy chain
  • Fab170 light chain
  • Large neutral amino acids transporter small subunit 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / Amino acid / Complex / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / alanine transport / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane ...L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / alanine transport / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / valine transport / amino acid import across plasma membrane / L-amino acid transmembrane transporter activity / proline transport / L-leucine transport / thyroid hormone transport / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / neutral amino acid transport / positive regulation of cytokine production involved in immune response / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / anchoring junction / antiporter activity / Basigin interactions / xenobiotic transport / microvillus membrane / response to muscle activity / amino acid transport / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of interleukin-4 production / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / response to hyperoxia / transport across blood-brain barrier / cellular response to glucose starvation / positive regulation of glial cell proliferation / negative regulation of autophagy / liver regeneration / basal plasma membrane / peptide antigen binding / positive regulation of type II interferon production / calcium ion transport / melanosome / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / Large neutral amino acids transporter small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Lee, Y.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of anticancer drug recognition and amino acid transport by LAT1.
著者: Yongchan Lee / Chunhuan Jin / Ryuichi Ohgaki / Minhui Xu / Satoshi Ogasawara / Rangana Warshamanage / Keitaro Yamashita / Garib Murshudov / Osamu Nureki / Takeshi Murata / Yoshikatsu Kanai /
要旨: LAT1 (SLC7A5) transports large neutral amino acids and plays pivotal roles in cancer proliferation, immune response and drug delivery. Despite recent advances in structural understanding of LAT1, how ...LAT1 (SLC7A5) transports large neutral amino acids and plays pivotal roles in cancer proliferation, immune response and drug delivery. Despite recent advances in structural understanding of LAT1, how it discriminates substrates and inhibitors including the clinically relevant drugs remains elusive. Here we report six structures of LAT1 across three conformations with bound ligands, elucidating its substrate transport and inhibitory mechanisms. JPH203 (also known as nanvuranlat or KYT-0353), an anticancer drug in clinical trials, traps LAT1 in an outward-facing state with a U-shaped conformer, with its amino-phenylbenzoxazol moiety pushing against transmembrane helix 3 (TM3) and bending TM10. Physiological substrates like ʟ-Phe lack such effects, whereas melphalan poses steric hindrance, explaining its inhibitory activity. The "classical" system L inhibitor BCH induces an occluded state critical for transport, confirming its substrate-like behavior. These findings provide a structural basis for substrate recognition and inhibition of LAT1, guiding future drug design.
履歴
登録2023年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
B: Large neutral amino acids transporter small subunit 1
L: Fab170 light chain
H: Fab170 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,4919
ポリマ－173,4514
非ポリマー1,0405
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Glycoprotein / 4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / ...Glycoprotein / 4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / Solute carrier family 3 member 2


分子量: 68069.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08195
#2: タンパク質 Large neutral amino acids transporter small subunit 1 / 4F2 light chain / 4F2LC / CD98 light chain / Integral membrane protein E16 / L-type amino acid ...4F2 light chain / 4F2LC / CD98 light chain / Integral membrane protein E16 / L-type amino acid transporter 1 / hLAT1 / Solute carrier family 7 member 5 / y+ system cationic amino acid transporter


分子量: 56043.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A5, CD98LC, LAT1, MPE16 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01650

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 Fab170 light chain


分子量: 24355.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 Fab170 heavy chain


分子量: 24981.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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糖 / 非ポリマー , 2種, 5分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 化合物 ChemComp-VU0 / (1~{S},2~{R},4~{R})-2-azanylbicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylic acid


分子量: 155.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1LAT1-CD98hc-Fab170COMPLEX#1-#2, #4, #30MULTIPLE SOURCES
2LAT1-CD98hcCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Fab170COMPLEX#4, #31NATURAL
分子量値: 0.173 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 170853 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.68→3.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / SU B: 12.132 / SU ML: 0.173 / ESU R: 0.48
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.26958 --
obs0.26958 85744 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 213.527 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 10601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0120.01210876
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.01610301
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.0541.64414834
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.7281.56723749
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.64651355
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg16.271543
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.133101751
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0830.21714
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.0212617
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.022465
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it32.56319.0115435
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other32.56119.0115435
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it46.47434.3066785
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other46.47134.3096786
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it41.41222.7435441
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other41.40522.7445440
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other63.29440.058050
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined68.616232.8643399
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other68.615232.8643400
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.869 6313 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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