PDB-8kd9: Cryo-EM structure of Aquifex aeolicus minimal protein-only RNase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kd9

タイトル

Cryo-EM structure of Aquifex aeolicus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs

要素

Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
RNA-free ribonuclease P

キーワード

HYDROLASE-RNA COMPLEX / pre-tRNA processing / tRNA / pre-tRNA complex / RNA-free ribonuclease P / ribonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Teramoto, T. / Koyasu, T. / Mayanagi, K. / Yokogawa, T. / Adachi, N. / Nakamura, T. / Senda, T. / Kakuta, Y.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21K06032	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP21am0101071	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP21am0101091	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of Aquifex aeolicus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs
著者: Teramoto, T. / Koyasu, T. / Yokogawa, T. / Adachi, N. / Mayanagi, K. / Nakamura, T. / Senda, T. / Kakuta, Y.

履歴

登録	2023年8月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kd9.cif.gz	593.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kd9.ent.gz	467.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/8kd9	HTTPS FTP

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関連構造データ

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#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-free ribonuclease P

B: RNA-free ribonuclease P

C: RNA-free ribonuclease P

D: RNA-free ribonuclease P

E: RNA-free ribonuclease P

F: RNA-free ribonuclease P

G: RNA-free ribonuclease P

H: RNA-free ribonuclease P

I: RNA-free ribonuclease P

J: RNA-free ribonuclease P

K: RNA-free ribonuclease P

L: RNA-free ribonuclease P

T: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal

M: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal

N: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal

O: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal

P: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal

385 kDa, 17 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	RNA-free ribonuclease P 分子量: 22242.473 Da / 分子数: 12 / 変異: C114S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 遺伝子: aq_880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67035
#2: RNA鎖	Aquifex aeolicus pre-tRNAVal 分子量: 23650.148 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) / 参照: GenBank: 6626248

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Aquifex aeolicus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Aquifex aeolicus (バクテリア)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 8

緩衝液成分

ID	濃度	式	Buffer-ID
1	25 mM	Tris-HCl	1
2	100 mM	NaCl	1
3	1 mM	TCEP	1
4	5 mM	MgCl₂	1

試料

濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN
撮影	電子線照射量: 55 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 8362

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION	3.1.3	粒子像選択
4	CTFFIND	4.1	CTF補正
10	RELION	3.1.3	初期オイラー角割当
11	RELION	3.1.3	最終オイラー角割当
12	RELION	3.1.3	分類
13	RELION	3.1.3	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 4522335

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 578312 / 対称性のタイプ: POINT

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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