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万見
- PDB-8kcq: Solution structures of the N-terminal divergent caplonin homology... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kcq
タイトルSolution structures of the N-terminal divergent caplonin homology (NN-CH) domains of human intraflagellar transport protein 54
要素TRAF3-interacting protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NN-CH domain / Intraflagellar transport (IFT) machinery / IFT54 / ciliopathy / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle B / neural tube patterning / negative regulation of defense response to virus / embryonic camera-type eye development / intraciliary transport / ciliary transition zone / ciliary tip / Intraflagellar transport / morphogenesis of a polarized epithelium ...intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle B / neural tube patterning / negative regulation of defense response to virus / embryonic camera-type eye development / intraciliary transport / ciliary transition zone / ciliary tip / Intraflagellar transport / morphogenesis of a polarized epithelium / post-anal tail morphogenesis / negative regulation of interferon-beta production / embryonic heart tube development / embryonic digit morphogenesis / negative regulation of type I interferon production / ciliary base / negative regulation of protein phosphorylation / axoneme / cilium assembly / negative regulation of protein-containing complex assembly / regulation of microtubule cytoskeleton organization / negative regulation of smoothened signaling pathway / kidney development / fibrillar center / microtubule binding / defense response to virus / nuclear body / ciliary basal body / cilium / centrosome / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
TRAF3-interacting protein 1, N-terminal / TRAF3-interacting protein 1, C-terminal domain / TRAF3-interacting protein 1, N-terminal domain superfamily / Microtubule-binding protein MIP-T3 CH-like domain / Microtubule-binding protein MIP-T3 C-terminal region / TRAF3-interacting protein 1
類似検索 - ドメイン・相同性
TRAF3-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / sumilated annealing
データ登録者Dang, W. / Kuwasako, K. / He, F. / Takahashi, M. / Tsuda, K. / Nagata, T. / Tanaka, A. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Guentert, P. ...Dang, W. / Kuwasako, K. / He, F. / Takahashi, M. / Tsuda, K. / Nagata, T. / Tanaka, A. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Guentert, P. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Muto, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2024
タイトル: 1 H, 13 C, and 15 N resonance assignments and solution structure of the N-terminal divergent calponin homology (NN-CH) domain of human intraflagellar transport protein 54.
著者: Kuwasako, K. / Dang, W. / He, F. / Takahashi, M. / Tsuda, K. / Nagata, T. / Tanaka, A. / Kobayashi, N. / Kigawa, T. / Guntert, P. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Muto, Y.
履歴
登録2023年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAF3-interacting protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4011
ポリマ－15,4011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TRAF3-interacting protein 1


分子量: 15401.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF3IP1 / 詳細 (発現宿主): CELL-Free Protein Synthesis
発現宿主: Cell-free gateway cloning vector N-term 8xHis mcherry pCellFree_G05 (その他)
参照: UniProt: Q8TDR0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 13C,15N-SEPARATED NOESY SPECTRA
121isotropic23D CBCA(CO)NH
131isotropic23D HN(CA)CB
141isotropic23D (H)CCH-COSY
151isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NN-CH domain of human IFT54, 100 mM None NaCl, 1 mM [U-99% 2H] d-DTT, 20 mM [U-99% 2H] d-Tris HCl, 0.02 % None NaN3, 90% H2O/10% D2O
詳細: 1mM D-DTT;0.02% NaN3 were used to keep the protein condition
Label: 13C,15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMNN-CH domain of human IFT54[U-99% 13C; U-99% 15N]1
100 mMNaClNone1
1 mMd-DTT[U-99% 2H]1
20 mMd-Tris HCl[U-99% 2H]1
0.02 %NaN3None1
試料状態詳細: 20mM D-Tris-HCL (PH7.0); 100mM NaCl; 1mM D-DTT;0.02% NaN3
イオン強度: 100 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE80013D_13C,15N-SEPARATED_NOESY
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002Assignments (CBCACONH et al.)

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
KUJIRA0.863N. Kobayashi, T. Kigawa, S. Yokoyamachemical shift assignment
CYANA2.2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
MagRO-NMRView1.2.38N. Kobayashipeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TopSpinBruker Biospin解析
精密化手法: sumilated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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