PDB-8kcn: X-ray structure of 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kcn

タイトル

X-ray structure of 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase mutant

要素

NADP-dependent (R)-specific alcohol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillaceae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Song, S.K. / Ma, Q.Q. / Lv, D.Q. / Cheng, C.Y. / Su, Z.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: X-ray structure of 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase mutant
著者: Song, S.K. / Ma, Q.Q. / Lv, D.Q. / Cheng, X.Y. / Su, Z.D.

履歴

登録	2023年8月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kcn.cif.gz	63.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kcn.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kcn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8kcn_validation.pdf.gz	408.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8kcn_full_validation.pdf.gz	408.4 KB	表示
XML形式データ	8kcn_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	8kcn_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/8kcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/8kcn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: NADP-dependent (R)-specific alcohol dehydrogenase

26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADP-dependent (R)-specific alcohol dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.527, 79.617, 114.488
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-399- HOH
2	1	A-469- HOH

#1: タンパク質	NADP-dependent (R)-specific alcohol dehydrogenase 分子量: 26680.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactobacillaceae (バクテリア) / 遺伝子: adh / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WVP7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG MME550; 0.1M Tris pH7.0; 0.05M MgCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月1日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→65.365 Å / Num. obs: 60439 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.31→1.31 Å / R_merge(I) obs: 0.1624 / Num. unique obs: 57490 / R_rim(I) all: 0.1792 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
HKL-3000		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.31→31.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 0.586 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1729	2947	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16236	-	-	-
obs	0.16287	57490	98.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.55 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.31→31.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1862	0	0	174	2036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.813	1.643	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.575	1.577	4179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.429	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.738	5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.449	10	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.792	0.689	999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.791	0.689	999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.163	1.239	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.162	1.239	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.407	0.949	892
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.405	0.949	893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.572	1.61	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.088	8.27	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.036	8.02	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.31→1.344 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	196	-
R_work	0.199	3722	-
obs	-	-	87.89 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)