+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kcm | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MmCPDII-DNA complex containing low-dosage, light induced repaired DNA. | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Flavoprotein / photolyase / light driven electron transfer / DNA repair / time-resolved serial crystallography. | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Methanosarcina mazei (古細菌) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Maestre-Reyna, M. / Wang, P.-H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.-H. / Ngura Putu, E.P.G. / Wu, W.-J. / Emmerich, H.-J. ...Maestre-Reyna, M. / Wang, P.-H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.-H. / Ngura Putu, E.P.G. / Wu, W.-J. / Emmerich, H.-J. / Engilberge, S. / Caramello, N. / Wranik, M. / Glover, H.L. / Franz-Badur, S. / Wu, H.-Y. / Lee, C.-C. / Huang, W.-C. / Huang, K.-F. / Chang, Y.-K. / Liao, J.-H. / Weng, J.-H. / Gad, W. / Chang, C.-W. / Pang, A.H. / Gashi, D. / Beale, E. / Ozerov, D. / Milne, C. / Cirelli, C. / Bacellar, C. / Sugahara, M. / Owada, S. / Joti, Y. / Yamashita, A. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F.J. / Tono, K. / Kiontke, S. / Spadaccini, R. / Royant, A. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Standfuss, J. / Essen, L.-O. / Bessho, Y. / Tsai, M.-D. | ||||||||||||
資金援助 | 台湾, 日本, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: Visualizing the DNA repair process by a photolyase at atomic resolution. 著者: Maestre-Reyna, M. / Wang, P.H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.H. / Gusti Ngurah Putu, E.P. / Wu, W.J. / Emmerich, H.J. / Caramello, N. / Franz-Badur, S. / Yang, ...著者: Maestre-Reyna, M. / Wang, P.H. / Nango, E. / Hosokawa, Y. / Saft, M. / Furrer, A. / Yang, C.H. / Gusti Ngurah Putu, E.P. / Wu, W.J. / Emmerich, H.J. / Caramello, N. / Franz-Badur, S. / Yang, C. / Engilberge, S. / Wranik, M. / Glover, H.L. / Weinert, T. / Wu, H.Y. / Lee, C.C. / Huang, W.C. / Huang, K.F. / Chang, Y.K. / Liao, J.H. / Weng, J.H. / Gad, W. / Chang, C.W. / Pang, A.H. / Yang, K.C. / Lin, W.T. / Chang, Y.C. / Gashi, D. / Beale, E. / Ozerov, D. / Nass, K. / Knopp, G. / Johnson, P.J.M. / Cirelli, C. / Milne, C. / Bacellar, C. / Sugahara, M. / Owada, S. / Joti, Y. / Yamashita, A. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Luo, F. / Tono, K. / Zarzycka, W. / Muller, P. / Alahmad, M.A. / Bezold, F. / Fuchs, V. / Gnau, P. / Kiontke, S. / Korf, L. / Reithofer, V. / Rosner, C.J. / Seiler, E.M. / Watad, M. / Werel, L. / Spadaccini, R. / Yamamoto, J. / Iwata, S. / Zhong, D. / Standfuss, J. / Royant, A. / Bessho, Y. / Essen, L.O. / Tsai, M.D. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kcm.cif.gz | 237 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8kcm.ent.gz | 180.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kcm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kcm_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8kcm_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8kcm_validation.xml.gz | 40.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kcm_validation.cif.gz | 59.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/8kcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/8kcm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7yc7SC 7ycmC 7ycpC 7ycrC 7yd6C 7yd7C 7yd8C 7ydzC 7ye0C 7yebC 7yecC 7yeeC 7yeiC 7yejC 7yekC 7yelC 7yemC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55123.480 Da / 分子数: 2 / 変異: M377T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) 株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88 遺伝子: DU34_19720, DU35_15210, DU36_16165, DU37_08235, DU38_17340, DU39_00605, DU41_17975, DU42_05505, DU44_19145, DU46_16260, DU48_13210, DU49_01325, DU51_15440, DU57_04540, DU59_03190, DU60_ ...遺伝子: DU34_19720, DU35_15210, DU36_16165, DU37_08235, DU38_17340, DU39_00605, DU41_17975, DU42_05505, DU44_19145, DU46_16260, DU48_13210, DU49_01325, DU51_15440, DU57_04540, DU59_03190, DU60_01690, DU61_08490, DU62_04430, DU63_10745, DU65_18915, DU69_04700, DU71_05355, DU72_08110, DU74_09110, FQU78_02295 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F8I5V2, deoxyribodipyrimidine photo-lyase |
---|
-DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF
#2: DNA鎖 | 分子量: 4256.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 4305.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|
-非ポリマー , 4種, 568分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.49 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 296 K / 手法: batch mode / pH: 4.6 詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.6 250 mM ammonium sulfate 4% PEG4000 (w/v) 50 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→49.95 Å / Num. obs: 48931 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.53 % / Biso Wilson estimate: 3.19 Å2 / CC1/2: 0.739 / Net I/σ(I): 4.66 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / Num. unique obs: 7737 / CC1/2: 0.437 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7YC7 解像度: 2.5→49.29 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.75 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.29 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|