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- PDB-8kca: Crystal structure of DDX53 helicase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kca
タイトルCrystal structure of DDX53 helicase domain
要素Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA helicase activity / RNA helicase / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / K Homology domain, type 1 superfamily / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain ...KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / K Homology domain, type 1 superfamily / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Park, S. / Yang, J.B. / Jung, H.S. / Kim, H.Y.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A2C1009404 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1F1A1060031 韓国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Structural insight into crystal structure of helicase domain of DDX53.
著者: Park, S. / Yang, J.B. / Park, Y.H. / Kim, Y.K. / Jeoung, D. / Kim, H.Y. / Jung, H.S.
履歴
登録2023年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1062
ポリマ－44,1062
非ポリマー00
水1,964109
1
A: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0531
ポリマ－22,0531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0531
ポリマ－22,0531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.866, 106.494, 41.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX53 / Cancer-associated gene protein / Cancer/testis antigen 26 / CT26 / DEAD box protein 53 / DEAD box protein CAGE


分子量: 22052.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX53, CAGE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86TM3, RNA helicase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 / 詳細: 1 M trisodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→30 Å / Num. obs: 24420 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.32 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.64 / Num. unique obs: 2193 / CC1/2: 0.662

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→27.32 Å / SU ML: 0.2503 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.3518
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 1984 8.17 %
Rwork0.1852 22309 -
obs0.189 24293 95.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→27.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2752 0 0 109 2861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00872834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12693829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0638441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0107505
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9126383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.020.36031160.30361307X-RAY DIFFRACTION79.14
2.02-2.080.29921270.2731469X-RAY DIFFRACTION87.21
2.08-2.140.31881420.2471567X-RAY DIFFRACTION95.9
2.14-2.210.29741540.22951668X-RAY DIFFRACTION97.59
2.21-2.290.26191390.21341586X-RAY DIFFRACTION97.35
2.29-2.380.29771430.21361640X-RAY DIFFRACTION97.17
2.38-2.490.31411400.21341596X-RAY DIFFRACTION96.02
2.49-2.620.23981470.20111631X-RAY DIFFRACTION97.05
2.62-2.780.22681450.20621638X-RAY DIFFRACTION98.29
2.78-30.26491460.1961652X-RAY DIFFRACTION98.31
3-3.30.22511390.18411589X-RAY DIFFRACTION95.89
3.3-3.770.21671470.16931655X-RAY DIFFRACTION99.12
3.77-4.750.18521430.14611645X-RAY DIFFRACTION97.55
4.75-27.320.19371560.16161666X-RAY DIFFRACTION98.01
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.941290524249-0.2203124640970.1737481914691.45159433757-0.2295002712191.68821081480.01223079519570.0861405606352-0.00284005409747-0.0301627801189-0.0339732112528-0.03459065213540.006297652873730.0134918267961-2.20596705258E-50.2099242029590.002164428849640.02301690900040.2217487652620.005480546757270.232175547824-9.99771466774-24.427223547611.2318515794
21.266066649620.2890224523720.1076336663681.250003827420.01833434856670.827384085567-0.062823028549-0.06949071169380.06222657575-0.0323922572198-0.0252193595228-0.0625711529667-0.08446273290920.0774677907876-0.0001671116821050.2825993800050.01537180585680.005455247418440.2105696948820.02330790460030.2673606605476.912111716422.1444003376413.1514392889
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 440 - 612 / Label seq-ID: 1 - 173

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 440 through 612)AA
22(chain 'B' and resid 440 through 612)BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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