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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kb8 | ||||||
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タイトル | Structure of the WDR91 WD40 domain complexed with Rab7 | ||||||
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![]() | ENDOCYTOSIS / GTPase / Effector / WD40 / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / epidermal growth factor catabolic process / negative regulation of intralumenal vesicle formation / alveolar lamellar body / negative regulation of exosomal secretion / Suppression of autophagy ...phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / lipophagy / positive regulation of viral process / phagosome acidification / protein to membrane docking / epidermal growth factor catabolic process / negative regulation of intralumenal vesicle formation / alveolar lamellar body / negative regulation of exosomal secretion / Suppression of autophagy / phagosome-lysosome fusion / phagosome maturation / establishment of vesicle localization / retromer complex binding / endosome to plasma membrane protein transport / melanosome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / phagophore assembly site membrane / early endosome to late endosome transport / positive regulation of exosomal secretion / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / endosome to lysosome transport / regulation of protein catabolic process / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / autophagosome membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / viral release from host cell / RHOG GTPase cycle / autophagosome assembly / intracellular transport / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / bone resorption / lipid catabolic process / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / phagocytic vesicle / RAC1 GTPase cycle / MHC class II antigen presentation / lipid droplet / small monomeric GTPase / secretory granule membrane / G protein activity / mitochondrial membrane / response to bacterium / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of protein catabolic process / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / protein transport / late endosome / late endosome membrane / early endosome membrane / lysosome / endosome membrane / lysosomal membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Ma, X.L. / Banerjee, S. / Dong, Z.G. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the WDR91 WD40 domain complexed with Rab7 著者: Li, J. / Ma, X.L. / Banerjee, S. / Dong, Z.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 259.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39824.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 20410.355 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 5% Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→48.49 Å / Num. obs: 35731 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 64.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 3982 / CC1/2: 0.684 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 72.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→48.49 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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