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- PDB-8kb8: Structure of the WDR91 WD40 domain complexed with Rab7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kb8
タイトルStructure of the WDR91 WD40 domain complexed with Rab7
要素
  • Ras-related protein Rab-7a
  • WD repeat-containing protein 91
キーワードENDOCYTOSIS / GTPase / Effector / WD40 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / phagosome acidification / positive regulation of viral process / protein to membrane docking / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation ...synaptic vesicle recycling via endosome / lipophagy / phagosome acidification / positive regulation of viral process / protein to membrane docking / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / epidermal growth factor catabolic process / alveolar lamellar body / negative regulation of intralumenal vesicle formation / negative regulation of exosomal secretion / phagosome-lysosome fusion / Suppression of autophagy / establishment of vesicle localization / retromer complex binding / phagosome maturation / presynaptic endosome / protein localization to lysosome / endosome to plasma membrane protein transport / early endosome to late endosome transport / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / phagophore assembly site membrane / positive regulation of exosomal secretion / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / melanosome membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / RHOD GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / retrograde transport, endosome to Golgi / TBC/RABGAPs / endosome to lysosome transport / RHOJ GTPase cycle / regulation of protein catabolic process / RHOQ GTPase cycle / viral release from host cell / autophagosome membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / autophagosome assembly / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / bone resorption / intracellular transport / lipid catabolic process / phagocytic vesicle / lipid droplet / RAC1 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / MHC class II antigen presentation / secretory granule membrane / small monomeric GTPase / response to bacterium / mitochondrial membrane / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of protein catabolic process / GDP binding / synaptic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / protein transport / G protein activity / early endosome membrane / endosome membrane / lysosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
WD repeat-containing protein 91 / : / Armc9, CTLH-like domain / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...WD repeat-containing protein 91 / : / Armc9, CTLH-like domain / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / WD repeat-containing protein 91 / Ras-related protein Rab-7a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Li, J. / Ma, X.L. / Banerjee, S. / Dong, Z.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Insights into the distinct membrane targeting mechanisms of WDR91 family proteins.
著者: Ma, X. / Li, J. / Liu, N. / Banerjee, S. / Hu, X. / Wang, X. / Dong, J. / Liu, K. / Yang, C. / Dong, Z.
履歴
登録2023年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 91
B: WD repeat-containing protein 91
C: Ras-related protein Rab-7a
D: Ras-related protein Rab-7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,5648
ポリマ－120,4694
非ポリマー1,0954
水48627
1
C: Ras-related protein Rab-7a
ヘテロ分子

A: WD repeat-containing protein 91


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7824
ポリマ－60,2352
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
2
D: Ras-related protein Rab-7a
ヘテロ分子

B: WD repeat-containing protein 91


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7824
ポリマ－60,2352
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)55.452, 81.077, 116.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.406, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 91


分子量: 39824.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR91 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A4D1P6
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-7a


分子量: 20410.355 Da / 分子数: 2 / Mutation: Q67L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB7A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51149
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 5% Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→48.49 Å / Num. obs: 35731 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 64.6 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 3982 / CC1/2: 0.684

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→48.49 Å / SU ML: 0.3538 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.0235
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2612 1811 5.07 %
Rwork0.1974 33898 -
obs0.2007 35709 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→48.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7892 0 66 27 7985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00998119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.303811008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07191233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.96781112
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.49-2.560.3611410.2842533X-RAY DIFFRACTION96.67
2.56-2.630.3281470.27572617X-RAY DIFFRACTION99.71
2.63-2.720.33131410.26512616X-RAY DIFFRACTION99.64
2.72-2.810.32371240.25012636X-RAY DIFFRACTION99.64
2.81-2.930.30961290.2542627X-RAY DIFFRACTION99.42
2.93-3.060.3481270.24952626X-RAY DIFFRACTION99.49
3.06-3.220.30531410.23672634X-RAY DIFFRACTION99.61
3.22-3.420.25291270.21342621X-RAY DIFFRACTION98.99
3.42-3.690.2631220.20332547X-RAY DIFFRACTION95.83
3.69-4.060.2411620.19782575X-RAY DIFFRACTION98.67
4.06-4.650.25881500.16052613X-RAY DIFFRACTION98.4
4.65-5.850.21921460.17242600X-RAY DIFFRACTION98.49
5.85-48.490.24421540.17412653X-RAY DIFFRACTION97.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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