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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8kb7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of UDP/mannose-bound AGO61/beta-1,4-N-Acetylglucosaminyltransferase 2 (POMGNT2) | |||||||||
要素 | Protein O-linked-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase 2 | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / glycosyltransferase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase / O-linked glycosylation / protein O-linked mannosylation / protein O-acetylglucosaminyltransferase activity / acetylglucosaminyltransferase activity / protein O-linked glycosylation / neuron migration / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Satoh, T. / Umezawa, F. / Yagi, H. / Kato, K. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of UDP/mannose-bound AGO61/beta-1,4-N-Acetylglucosaminyltransferase 2 (POMGNT2) 著者: Satoh, T. / Umezawa, F. / Yagi, H. / Kato, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8kb7.cif.gz | 427.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8kb7.ent.gz | 347.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8kb7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8kb7_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8kb7_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8kb7_validation.xml.gz | 72.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8kb7_validation.cif.gz | 95.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/8kb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/8kb7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64254.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POMGNT2, AGO61, C3orf39, EOGTL, GTDC2 / プラスミド: p3XFLAG-CMV-9 / Cell (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8NAT1, protein O-mannose beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-UDP / #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 糖 | ChemComp-MAN / #5: 化合物 | ChemComp-CL / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 12% PEG4000, 0.1 M sodium citrate tribasic (pH 6.0), and 0.1 M sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月11日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 97911 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.918 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 31767 / CC1/2: 0.569 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→47.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 12.953 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.406 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 88.647 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→47.92 Å
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拘束条件 |
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