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- PDB-8kb3: Superoxide dismutase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kb3
タイトルSuperoxide dismutase
要素Superoxide dismutase [Mn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Destroys superoxide anion radicals which are normally produced within the cells and which are toxic to biological systems / Dimer.
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase [Mn]
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Zhai, L. / Li, B.Q. / Jia, H.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)No.31900124 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: YdiU regulates Salmonella Oxidative Stress by UMPylation of SodA
著者: Zhai, L. / Li, B.Q. / Jia, H.H.
履歴
登録2023年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Mn]
B: Superoxide dismutase [Mn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,42518
ポリマ－46,2202
非ポリマー1,20516
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.026, 45.128, 92.508
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Mn]


分子量: 23110.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
遺伝子: sodA, STM4055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43019, superoxide dismutase

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非ポリマー , 5種, 454分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 1.8 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 50682 / % possible obs: 95.18 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.68
反射 シェル解像度: 1.61→1.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.166 / Num. unique obs: 4201

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→26.28 Å / SU ML: 0.1428 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8619
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2055 2557 5.05 %
Rwork0.1737 48088 -
obs0.1752 50645 95.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→26.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3238 0 68 438 3744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00923382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03684582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0565480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.9825450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.650.22241080.19592382X-RAY DIFFRACTION87.09
1.65-1.680.20221170.18462541X-RAY DIFFRACTION89.49
1.68-1.720.23921800.18132524X-RAY DIFFRACTION92.54
1.72-1.760.23731500.18222591X-RAY DIFFRACTION94.22
1.76-1.80.2431500.17692700X-RAY DIFFRACTION95.99
1.8-1.850.22031450.18162720X-RAY DIFFRACTION97.02
1.85-1.90.22261320.19592693X-RAY DIFFRACTION97.01
1.9-1.960.20761510.16922657X-RAY DIFFRACTION95.15
1.96-2.040.1991420.17192524X-RAY DIFFRACTION90.74
2.04-2.120.1941400.16872755X-RAY DIFFRACTION98
2.12-2.210.22161570.18612711X-RAY DIFFRACTION97.98
2.21-2.330.24061310.17782782X-RAY DIFFRACTION97.75
2.33-2.480.20241560.18212728X-RAY DIFFRACTION97.7
2.48-2.670.21171510.17632733X-RAY DIFFRACTION96.91
2.67-2.930.21511250.18592648X-RAY DIFFRACTION92.99
2.93-3.360.18971380.17982797X-RAY DIFFRACTION98.69
3.36-4.230.17491400.1522822X-RAY DIFFRACTION98.8
4.23-26.280.18731440.15532780X-RAY DIFFRACTION95.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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