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- PDB-8kb2: Crystal Structure of M- and C-Domains of the shaft pilin LrpA fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kb2
タイトルCrystal Structure of M- and C-Domains of the shaft pilin LrpA from Ligilactobacillus ruminis - iodide derivative
要素LPXTG-motif cell wall anchor domain protein
キーワードCELL ADHESION / Backbone pilin / isopeptide bond / pili / gut bacteria / probiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / LPXTG-motif cell wall anchor domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ligilactobacillus ruminis ATCC 25644 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Prajapati, A. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR22343/BRB/10/1570/2016 インド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of the N-terminal domain of the backbone pilin LrpA reveals a new closure-and-twist motion for assembling dynamic pili in Ligilactobacillus ruminis.
著者: Prajapati, A. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V.
履歴
登録2023年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPXTG-motif cell wall anchor domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,71820
ポリマ－28,7401
非ポリマー1,97719
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.903, 50.898, 125.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LPXTG-motif cell wall anchor domain protein


分子量: 28740.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Shaft pilin
由来: (組換発現) Ligilactobacillus ruminis ATCC 25644 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0542_11612 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: E7FRT5

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非ポリマー , 6種, 166分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.905→39.58 Å / Num. obs: 21167 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 48.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.905→1.945 Å / 冗長度: 45.5 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 1058 / CC1/2: 0.969 / Rpim(I) all: 0.141 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.91→39.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 4.982 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21149 1052 5 %RANDOM
Rwork0.17949 ---
obs0.1811 20115 97.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.742 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.91→39.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2023 0 32 147 2202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0122073
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.6642800
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4661.5854572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0225264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg4.74851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.91710364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2591.1691059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2591.1691059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9612.091322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.962.0891323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6171.5791014
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6161.581015
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2722.6881479
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.81214.42190
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.81114.412191
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.954 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 69 -
Rwork0.212 1217 -
obs--82.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4743-0.0643-0.49350.492-0.17954.2925-0.0006-0.06470.0218-0.0050.06320.04360.0039-0.0878-0.06260.0608-0.00860.0070.0401-0.00460.048514.5448-1.945185.9494
21.98420.4919-0.91161.1017-0.25551.9377-0.04120.053-0.0138-0.09060.0495-0.04450.00320.0227-0.00820.06220.0058-0.00850.0088-0.00370.005226.06854.242451.5317
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A208 - 343
2X-RAY DIFFRACTION2A344 - 472

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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