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- PDB-8kb1: Crystal structure of 11JD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kb1
タイトルCrystal structure of 11JD
要素
  • Beta2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • peptide of AIV
キーワードIMMUNE SYSTEM / major histocompatibility complex / Anpl-UAA
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Anas platyrhynchos (アヒル)
unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Tang, Z. / Zhang, N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32172871 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: The impact of micropolymorphism in Anpl-UAA on structural stability and peptide presentation.
著者: Tang, Z. / Wang, S. / Du, L. / Hu, D. / Chen, X. / Zheng, H. / Ding, H. / Chen, S. / Zhang, L. / Zhang, N.
履歴
登録2023年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta2-microglobulin
C: peptide of AIV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4633
ポリマ－44,4633
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.593, 87.593, 119.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-355-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31684.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anas platyrhynchos (アヒル) / 遺伝子: Anpl-UAA
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: タンパク質 Beta2-microglobulin


分子量: 11863.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anas platyrhynchos (アヒル) / 遺伝子: b2m
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q14U75
#3: タンパク質・ペプチド peptide of AIV


分子量: 916.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→70.55 Å / Num. obs: 16047 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 16.4 / Num. measured all: 230035
反射 シェル解像度: 2.46→2.59 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.2 % / Rmerge(I) obs: 1.111 / Num. measured all: 38101 / Num. unique obs: 2514 / CC1/2: 0.905 / Rpim(I) all: 0.293 / Rrim(I) all: 1.15 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I) obs: 2.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.46→41.1 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 28.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2901 1510 9.96 %
Rwork0.2081 --
obs0.2161 15165 86.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3114 0 0 118 3232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.024340
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.869428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057444
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01571
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.540.37511290.2661185X-RAY DIFFRACTION84
2.54-2.610.35661020.2735936X-RAY DIFFRACTION85
2.7-2.730.3561370.254311X-RAY DIFFRACTION89
2.73-2.860.33861430.25351278X-RAY DIFFRACTION91
2.86-3.010.40741480.25831331X-RAY DIFFRACTION94
3.01-3.190.30191510.24221362X-RAY DIFFRACTION97
3.2-3.440.32021530.2281396X-RAY DIFFRACTION97
3.44-3.790.28771550.20431404X-RAY DIFFRACTION98
3.79-4.330.25171580.17581432X-RAY DIFFRACTION99
4.34-5.460.22291620.15371465X-RAY DIFFRACTION100
5.46-41.10.24841720.18441555X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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