PDB-8kar: Glutamate dehydrogenase-AKG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8kar

タイトル

Glutamate dehydrogenase-AKG

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Glutamate dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Sakuraba, H. / Ohshima, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Extremophiles / 年: 2025
タイトル: Structural insight into the unique substrate specificity of glutamate dehydrogenase from Saccharolobus solfataricus.
著者: Okabe, I. / Hirano, M. / Ohmori, T. / Segawa, M. / Yoneda, K. / Ohshima, T. / Sakuraba, H.

履歴

登録	2023年8月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年8月6日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8kar.cif.gz	469.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8kar.ent.gz	387.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8kar.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8kar_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8kar_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8kar_validation.xml.gz	47.8 KB	表示
CIF形式データ	8kar_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/8kar ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/8kar	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8kaoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

140 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
280 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.267, 156.419, 99.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 45561.473 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 遺伝子: HFC64_02080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3K1C8
#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM MES buffer (pH 6.5), 10% (w/v) PEG5,000 MME, 12% (v/v) 1-propanol, and 10% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→47.21 Å / Num. obs: 141497 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.156 / Χ²: 0.91 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.933 / Num. measured all: 37214 / Num. unique obs: 6919 / CC_1/2: 0.789 / R_pim(I) all: 0.437 / R_rim(I) all: 1.034 / Χ²: 0.89 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→47.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 6.073 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23065	7121	5 %	RANDOM
R_work	0.19655	-	-	-
obs	0.19826	134338	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.35 Å²	0 Å²	0.59 Å²
2-	-	-1.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.73→47.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9480	0	214	418	10112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	9831
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.045	0.016	9437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.595	1.637	13277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.042	1.56	21935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.374	5	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.698	5	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.781	10	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	11037
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.657	1.39	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.657	1.39	4965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.404	2.079	6201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.404	2.079	6202
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.203	1.665	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.203	1.666	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.327	2.381	7077
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.77	19.449	11021
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.734	19.156	10961
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	530	-
R_work	0.31	9837	-
obs	-	-	99.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5303	0.4628	0.071	0.4371	0.2048	0.6774	0.0606	0.0115	0.0142	0.0425	-0.0147	0.0133	-0.0592	-0.0803	-0.0458	0.062	0.0267	-0.006	0.0517	-0.0084	0.071	6.312	-3.9292	32.5588
2	0.1868	-0.1207	-0.0008	0.1092	-0.0448	0.2017	0.0105	0.0559	-0.0022	0.0163	-0.0163	-0.0204	-0.0435	-0.0026	0.0058	0.0741	0.0143	-0.0026	0.0631	0.0084	0.0506	17.6869	5.0665	22.129
3	0.2721	-0.0916	0.134	0.4599	-0.2135	0.1502	0.041	0.1288	-0.0752	-0.0512	-0.0063	0.0201	0.0172	0.0287	-0.0348	0.0629	0.0286	-0.0212	0.0995	-0.0204	0.0403	13.1514	-8.5815	14.0443
4	1.5357	0.0011	-0.2924	0.0038	0.0569	1.0028	-0.0758	-0.1644	-0.0613	0.0134	0.0002	-0.0022	0.2455	0.0066	0.0756	0.0779	0.0039	0.0357	0.0192	0.0151	0.1163	34.2965	-46.5358	38.7829
5	0.1658	-0.0365	-0.0273	0.2958	0.1335	0.1367	0.0057	0.0342	-0.0019	-0.0253	-0.0195	0.0251	-0.0079	0.011	0.0137	0.0708	0.0026	-0.0058	0.0475	-0.0044	0.0623	26.6091	-43.3321	22.8678
6	0.1885	0.1364	0.1813	0.3328	0.3697	0.4836	0.0081	0.13	-0.0298	-0.0603	0.1429	-0.1558	-0.1167	0.1899	-0.151	0.073	-0.0178	0.0362	0.1077	-0.0353	0.1037	45.1367	-38.6677	20.1209
7	0.2915	0.4929	-0.0199	1.8341	0.5516	0.3468	-0.0433	0.0502	0.0873	-0.2174	0.045	0.1384	-0.0942	-0.0303	-0.0018	0.0737	0.0158	-0.0302	0.0168	0.0054	0.1138	4.5945	-0.4018	49.3872
8	0.3047	-0.1219	-0.1073	0.432	0.1197	0.0588	-0.0297	-0.0093	-0.0077	0.0463	0.0031	0.1008	0.0186	0.0191	0.0265	0.0463	0.0073	0.0127	0.0477	-0.0004	0.0985	-1.2135	-11.6289	62.4617
9	0.725	0.4834	-0.1683	0.4789	0.1006	0.393	0.0963	-0.2239	0.2318	0.0984	-0.0396	0.1006	0.051	0.1966	-0.0567	0.0716	0.0104	0.0068	0.1338	-0.0981	0.1534	9.6687	1.3271	71.8335

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 309
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	310 - 419
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	6 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	56 - 362
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	363 - 419
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	6 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	56 - 361
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	362 - 419

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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