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- PDB-8kaq: Glycoside hydrolase family 1 beta-glucosidase (E318G mutant) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8kaq
タイトルGlycoside hydrolase family 1 beta-glucosidase (E318G mutant) from Streptomyces griseus (sophorose complex)
要素Putative beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / beta-Glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate catabolic process / beta-glucosidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / alpha-D-glucopyranose / TRIETHYLENE GLYCOL / Putative beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350 (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Kumakura, H. / Motouchi, S. / Nakai, H. / Nakajima, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K05830 日本
Japan Science and TechnologyJPMJSP2151 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of beta-1,2-glucan-associated glycoside hydrolase family 1 beta-glucosidase from Streptomyces griseus
著者: Kumakura, H. / Motouchi, S. / Nakai, H. / Nakajima, M.
履歴
登録2023年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative beta-glucosidase
B: Putative beta-glucosidase
C: Putative beta-glucosidase
D: Putative beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,40724
ポリマ－182,7624
非ポリマー2,64520
水9,530529
1
A: Putative beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6328
ポリマ－45,6911
非ポリマー9427
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2726
ポリマ－45,6911
非ポリマー5815
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5977
ポリマ－45,6911
非ポリマー9066
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9063
ポリマ－45,6911
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.793, 100.179, 96.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.868, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative beta-glucosidase


分子量: 45690.605 Da / 分子数: 4 / 変異: E318G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350 (ストレプトマイシン生産菌)
遺伝子: SGR_2426 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1W1N0

-
糖 , 2種, 11分子

#2: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 538分子

#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propane (pH 6.5), 0.3 M sodium formate, 18% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→46.824 Å / Num. obs: 93387 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.13→2.17 Å / Num. unique obs: 4558 / CC1/2: 0.637

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
XDSデータ削減
ARP/wARPモデル構築
MOLREP位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→46.824 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.196 / WRfactor Rwork: 0.162 / SU B: 5.639 / SU ML: 0.143 / Average fsc free: 0.9634 / Average fsc work: 0.9761 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 4704 5.038 %
Rwork0.1833 88660 -
all0.185 --
obs-93364 98.515 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.114 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å20.004 Å2
2--0.218 Å20 Å2
3---0.399 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→46.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12145 0 163 529 12837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01212650
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01611332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.66517294
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4881.58526025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77851553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.8315107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.307101767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.87510605
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21882
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023037
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.22716
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2050.210807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.26213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.26334
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1450.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1360.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1522.8316233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1512.8316233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1785.0797779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1785.0797780
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6113.0486417
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6113.0486418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0825.499515
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0825.499516
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.33726.72814337
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.326.70514283
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.13-2.1850.2983510.25264750.25469720.9430.95697.90590.229
2.185-2.2450.2913420.24262790.24467450.9460.96298.16160.217
2.245-2.310.2593520.22261420.22466130.9540.96898.20050.196
2.31-2.3810.2593250.2159920.21264240.9590.97298.33440.18
2.381-2.4590.2562780.20258440.20562240.9610.97598.36120.173
2.459-2.5450.2673090.19656240.260260.9570.97698.45670.166
2.545-2.640.2512630.19154580.19458050.9630.97898.5530.16
2.64-2.7480.2772670.19752660.20156090.9550.97798.6450.165
2.748-2.870.2252690.18450440.18653910.970.9898.55310.153
2.87-3.0090.2292870.18447780.18751360.9670.9898.61760.16
3.009-3.1710.2612350.1945760.19448870.9580.97898.44490.168
3.171-3.3630.2292060.19543670.19746240.970.97998.89710.175
3.363-3.5930.2282230.1940770.19243520.9690.98198.80510.174
3.593-3.8790.1812050.16938180.1740780.980.98598.65130.157
3.879-4.2470.1741830.14535110.14737430.9830.98998.69090.138
4.247-4.7430.171710.13631770.13733900.9840.9998.76110.131
4.743-5.4680.1711630.14728160.14829980.9870.98999.36620.141
5.468-6.6740.21200.16724310.16925750.980.98699.0680.16
6.674-9.3440.21950.16518750.16719900.9730.98598.9950.167
9.344-46.8240.17600.18511100.18411800.9850.98199.15250.213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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