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万見
- PDB-8k9p: Neutron X-ray joint structure of pseudoazurin from Alcaligenes fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k9p
タイトルNeutron X-ray joint structure of pseudoazurin from Alcaligenes faecalis
要素Pseudoazurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / blue copper / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DEUTERATED WATER / Pseudoazurin
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes faecalis (バクテリア)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Fukuda, Y. / Kurihara, K. / Inoue, T. / Tamada, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024
タイトル: Overlooked Hydrogen Bond in a Blue Copper Protein Uncovered by Neutron and Sub- angstrom ngstrom Resolution X-ray Crystallography.
著者: Fukuda, Y. / Lintuluoto, M. / Kurihara, K. / Hasegawa, K. / Inoue, T. / Tamada, T.
履歴
登録2023年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8323
ポリマ－13,6731
非ポリマー1602
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.168, 50.168, 98.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Pseudoazurin / Blue copper protein / Cupredoxin


分子量: 13672.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04377
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.8 M deuterated ammonium sulfate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Ambient temp detailsCrystal-IDSerial crystal experiment
1293room temperature1N
2293room temperature1N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
NUCLEAR REACTORJRR-3M 1G-A22.9
検出器
タイプID検出器日付
LADI III1IMAGE PLATE2022年7月19日
DECTRIS PILATUS3 S 6M2PIXEL2022年10月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMneutron2Si(111)
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.91
反射

Biso Wilson estimate: 18.25 Å2 / Entry-ID: 8K9P

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.3-49.153442510010.10.9980.0710.023116.9
1.9-1009935902.80.9880.1080.07426.99
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.3-1.329.10.8952.417070.8080.31199.4
1.9-1.971.80.3962.099140.6020.355283.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化

SU ML: 0.1168 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 17.3164 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.5-43.45X-RAY DIFFRACTION450.16920.12880.1332272201502242210.1310011.38
1.9-39.7NEUTRON DIFFRACTION0.2770.213992190.042
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数938 0 6 72 1016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00932156
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21293784
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0678164
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7808537
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.530.18551360.12771275X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.570.15511370.11911255X-RAY DIFFRACTION100
1.57-1.610.18511390.11711261X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.650.19041450.12521238X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.70.21911400.15471261X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.750.21061370.14351249X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.820.14111400.12171267X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.890.14091420.12151259X-RAY DIFFRACTION99.93
1.89-1.980.18241450.11731258X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.080.16841460.13011259X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.210.17241480.12941252X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.380.16381410.13011264X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.620.18861410.13691255X-RAY DIFFRACTION100
2.62-30.18881400.15261260X-RAY DIFFRACTION100
3-3.770.18521410.12791265X-RAY DIFFRACTION100
3.78-43.450.14011540.11661272X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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