[日本語] English
万見
- PDB-8k9o: Crystal structure of Cyanobacteriochrome RcaE GAF domain in Pg state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k9o
タイトルCrystal structure of Cyanobacteriochrome RcaE GAF domain in Pg state
要素histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cyanobacteriochrome / chromatic acclimation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / membrane
類似検索 - 分子機能
: / PAS fold-4 / PAS fold / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...: / PAS fold-4 / PAS fold / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Microchaete diplosiphon (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Nagae, T. / Hirose, Y. / Mishima, M.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02562 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K06707 日本
Other private 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Green/red light-sensing mechanism in the chromatic acclimation photosensor.
著者: Nagae, T. / Fujita, Y. / Tsuchida, T. / Kamo, T. / Seto, R. / Hamada, M. / Aoyama, H. / Sato-Tomita, A. / Fujisawa, T. / Eki, T. / Miyanoiri, Y. / Ito, Y. / Soeta, T. / Ukaji, Y. / Unno, M. / ...著者: Nagae, T. / Fujita, Y. / Tsuchida, T. / Kamo, T. / Seto, R. / Hamada, M. / Aoyama, H. / Sato-Tomita, A. / Fujisawa, T. / Eki, T. / Miyanoiri, Y. / Ito, Y. / Soeta, T. / Ukaji, Y. / Unno, M. / Mishima, M. / Hirose, Y.
履歴
登録2023年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6342
ポリマ－22,0451
非ポリマー5891
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.273, 64.273, 84.116
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-571-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 histidine kinase


分子量: 22045.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Microchaete diplosiphon (バクテリア)
遺伝子: rcaE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47897, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, magnesium acetate, sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 1.1211 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月23日
放射モノクロメーター: Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1211 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.489 Å / Num. obs: 18446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 1002 / CC1/2: 0.876 / Χ2: 1.01 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CKV

7ckv


解像度: 1.75→45.489 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.477 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.123
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 861 4.681 %
Rwork0.1875 17534 -
all0.19 --
obs-18395 99.962 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.374 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.274 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.274 Å2-0 Å2
3----0.547 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1438 0 43 73 1554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0131525
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7061.6362080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4491.5753386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0945181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2823.03489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37315267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.631158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.21410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2210.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1220.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1952.32718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1872.317717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9483.46895
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9483.463896
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2852.697807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2852.697806
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0273.9141183
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0253.9141184
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.2628.031645
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.2427.8951637
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.7950.307570.2261279X-RAY DIFFRACTION100
1.795-1.8450.296560.2231232X-RAY DIFFRACTION100
1.845-1.8980.312580.211211X-RAY DIFFRACTION100
1.898-1.9560.285660.2021161X-RAY DIFFRACTION100
1.956-2.020.25460.1831140X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.0910.224550.181088X-RAY DIFFRACTION100
2.091-2.170.233550.1731077X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.2580.235450.1651024X-RAY DIFFRACTION100
2.258-2.3590.19490.163987X-RAY DIFFRACTION100
2.359-2.4730.173470.163965X-RAY DIFFRACTION100
2.473-2.6070.199470.183875X-RAY DIFFRACTION100
2.607-2.7650.291530.183857X-RAY DIFFRACTION100
2.765-2.9550.226410.184812X-RAY DIFFRACTION100
2.955-3.1910.259410.196754X-RAY DIFFRACTION100
3.191-3.4940.213350.197704X-RAY DIFFRACTION100
3.494-3.9040.184300.179639X-RAY DIFFRACTION100
3.904-4.5040.217340.175574X-RAY DIFFRACTION100
4.504-5.5050.249270.178495X-RAY DIFFRACTION100
5.505-7.7410.234120.234407X-RAY DIFFRACTION99.5249
7.741-45.4890.30470.228253X-RAY DIFFRACTION98.1132

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る