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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k8l | ||||||
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タイトル | Structure of Klebsiella pneumonia ModA with molybdate | ||||||
![]() | Molybdate transporter periplasmic protein | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / Molybdate binding protein | ||||||
機能・相同性 | Molybdate ABC transporter, substrate-binding protein / molybdate ion transport / Bacterial extracellular solute-binding protein / metal ion binding / MOLYBDATE ION / Molybdate transporter periplasmic protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, Q. / Bartlam, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of molybdate binding protein ModA from Klebsiella pneumoniae. 著者: Zhao, Q. / Su, X. / Wang, Y. / Liu, R. / Bartlam, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 768 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 769.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k8kC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27008.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: KPHS_16010 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MOO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3 詳細: 0.1 M Citric acid, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, molybdate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 20631 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 18.64 Å2 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 16.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.83 Å / Num. unique obs: 2045 / Rpim(I) all: 0.149 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→28.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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