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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k7n | ||||||
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タイトル | Structure of ferric-binding protein KfuA | ||||||
要素 | Ferric iron ABC transporter, iron-binding protein | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Iron binding protein / ABC transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / iron ion transport / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Q. / Bartlam, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Structure of Klebsiella pneumoniae ferric-binding protein KfuA 著者: Zhao, Q. / Bartlam, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k7n.cif.gz | 80.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k7n.ent.gz | 56.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k7n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36585.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence reference for Klebsiella pneumoniae is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A288TNX3. 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: fbpA, CWN47_21360, IAP99_17305, NCTC9178_03966 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A288TNX3 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.23 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 and 0.1 M Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→38.29 Å / Num. obs: 18079 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 22.78 Å2 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / Num. unique obs: 882 / Rpim(I) all: 0.073 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→37.58 Å / SU ML: 0.1684 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.41 / 位相誤差: 19.3347 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→37.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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