PDB-8k76: Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransfe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k76

タイトル

Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase from Fusobacterium nucleatum

要素

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase

機能・相同性

: / Methyltransferase type 11 / Methyltransferase domain / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

He, S.R. / Bai, X. / Zhang, J. / Zhao, Z.D.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase from Fusobacterium nucleatum
著者: He, S.R. / Bai, X.

履歴

登録	2023年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k76.cif.gz	107.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k76.ent.gz	80.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k76_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k76_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	8k76_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	8k76_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase

B: S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.981, 80.629, 108.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase 分子量: 28612.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア) 遺伝子: FN1919 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: Q8R6D8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase

分子量: 28612.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 (バクテリア)
遺伝子: FN1919 / 発現宿主:

Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: Q8R6D8, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350,sodium citrate, ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.489→33 Å / Num. obs: 1036260 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / Num. unique obs: 42568 / CC_1/2: 0.999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.49→33 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	4436	4.89 %
R_work	0.214	-	-
obs	0.2146	90737	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3663	0	0	158	3821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.561
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.236	508
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	662

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.49-1.51	0.3144	151	0.2979	2688	X-RAY DIFFRACTION	95
1.51-1.52	0.3397	137	0.2923	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.54	0.2766	153	0.2744	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.3179	114	0.2728	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.2823	148	0.2627	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.2834	150	0.2518	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2151	143	0.2401	2842	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2657	175	0.2379	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.2404	143	0.2315	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.7	0.2738	143	0.2202	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.73	0.2487	159	0.2215	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.77	0.2314	122	0.2283	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.2486	165	0.2094	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.84	0.246	152	0.2163	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.88	0.213	156	0.206	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.92	0.2458	159	0.2204	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.97	0.2457	146	0.2191	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.02	0.2123	132	0.2124	2853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.08	0.2438	129	0.2214	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.15	0.2248	149	0.2173	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.22	0.2309	127	0.2243	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.31	0.2234	156	0.2103	2860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.42	0.2361	159	0.2214	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.55	0.2234	142	0.2293	2891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.71	0.2285	120	0.2341	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.91	0.2633	153	0.2288	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.21	0.2395	180	0.234	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.67	0.218	139	0.205	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-4.62	0.1774	179	0.1691	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-33	0.1908	155	0.1779	3109	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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