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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k75 | ||||||
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タイトル | N-terminal domain of FIPV nucleocapsid protein | ||||||
要素 | Nucleoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / FIPV / Nucleocapsid protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Feline coronavirus (ネココロナウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.16 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J.T. / Liang, R. / Shi, Y.J. / Peng, G.Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: N-terminal domain of FIPV nucleocapsid protein 著者: Zhang, J.T. / Liang, R. / Shi, Y.J. / Peng, G.Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k75.cif.gz | 44.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k75.ent.gz | 28.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k75.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k75_validation.pdf.gz | 412.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k75_full_validation.pdf.gz | 412.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8k75_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k75_validation.cif.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k75 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16618.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Feline coronavirus (strain FIPV WSU-79/1146) (ウイルス) 遺伝子: N, 6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25909 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97861 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97861 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.16→50 Å / Num. obs: 41565 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 1.19 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 270478 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.16→30.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.49 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.049 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.16→30.55 Å
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拘束条件 |
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