PDB-8k75: N-terminal domain of FIPV nucleocapsid protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k75

タイトル

N-terminal domain of FIPV nucleocapsid protein

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / FIPV / Nucleocapsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Feline coronavirus (ネココロナウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Zhang, J.T. / Liang, R. / Shi, Y.J. / Peng, G.Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Identification of novel broad-spectrum antiviral drugs targeting the N-terminal domain of the FIPV nucleocapsid protein.
著者: Zhang, J. / Fan, X. / Wang, P. / Liang, R. / Wang, D. / Xu, J. / Zhang, D. / Xie, Y. / Liao, Q. / Jiao, Z. / Shi, Y. / Peng, G.

履歴

登録	2023年7月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k75.cif.gz	45.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k75.ent.gz	28.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k75.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k75_validation.pdf.gz	412.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k75_full_validation.pdf.gz	412.5 KB	表示
XML形式データ	8k75_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	8k75_validation.cif.gz	12.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/8k75	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoprotein

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.768, 60.900, 35.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 16618.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Feline coronavirus (strain FIPV WSU-79/1146) (ウイルス) 遺伝子: N, 6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25909
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97861 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97861 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.16→50 Å / Num. obs: 41565 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 1.19 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 270478

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.16-1.18	5.2	0.187	1972	0.978	0.994	0.088	0.207	1.081	94.8
1.18-1.2	5.6	0.191	2043	0.976	0.994	0.086	0.21	1.274	97.5
1.2-1.22	6	0.192	2023	0.975	0.994	0.082	0.209	1.392	97.7
1.22-1.25	6.6	0.18	2067	0.979	0.995	0.073	0.194	1.373	98.2
1.25-1.28	6.4	0.173	2056	0.984	0.996	0.072	0.188	1.298	99
1.28-1.31	6.8	0.161	2087	0.985	0.996	0.064	0.174	1.283	98.4
1.31-1.34	6.7	0.158	2026	0.986	0.997	0.064	0.17	1.25	98.7
1.34-1.38	6.4	0.146	2105	0.984	0.996	0.06	0.158	1.16	98.8
1.38-1.42	6.6	0.136	2060	0.987	0.997	0.055	0.147	1.208	99.5
1.42-1.46	6.5	0.123	2083	0.991	0.998	0.051	0.133	1.139	99.3
1.46-1.51	6.8	0.111	2090	0.99	0.997	0.045	0.12	1.307	99.5
1.51-1.57	6.7	0.108	2074	0.99	0.998	0.044	0.116	1.116	99.5
1.57-1.65	6.4	0.095	2090	0.993	0.998	0.04	0.103	1.232	99.5
1.65-1.73	6.7	0.086	2094	0.994	0.999	0.035	0.093	1.028	99.8
1.73-1.84	6.8	0.08	2094	0.995	0.999	0.032	0.086	1.101	100
1.84-1.98	6.9	0.069	2114	0.996	0.999	0.028	0.075	0.983	100
1.98-2.18	6.6	0.059	2105	0.997	0.999	0.024	0.064	0.774	100
2.18-2.5	6.8	0.049	2104	0.998	0.999	0.02	0.053	0.814	100
2.5-3.15	6.9	0.039	2116	0.998	0.999	0.016	0.043	0.741	100
3.15-50	6.7	0.053	2162	0.993	0.998	0.022	0.057	2.266	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.16→30.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 0.49 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18383	2006	4.8 %	RANDOM
R_work	0.16761	-	-	-
obs	0.1684	39396	98.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.049 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.16→30.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1023	0	0	190	1213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.82	1.656	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.429	1.592	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.194	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.144	21.429	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.571	15	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.281	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	274
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.415	1.46	495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.369	1.456	494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.09	2.192	617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.088	2.197	618
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.484	1.734	558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.431	1.725	556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.59	2.488	804
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.235	18.465	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.757	17.203	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.161→1.191 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	122	-
R_work	0.219	2723	-
obs	-	-	91.95 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)