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万見
- PDB-8k6z: NMR structure of human leptin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k6z
タイトルNMR structure of human leptin
要素Leptin
キーワードCYTOKINE / helical / energy homeostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lipoprotein lipid oxidation / cellular response to L-ascorbic acid / positive regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of glutamine transport / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of glucagon secretion / regulation of endothelial cell proliferation / regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of natural killer cell proliferation / leptin receptor binding ...regulation of lipoprotein lipid oxidation / cellular response to L-ascorbic acid / positive regulation of fat cell apoptotic process / negative regulation of glutamine transport / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of glucagon secretion / regulation of endothelial cell proliferation / regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / regulation of natural killer cell proliferation / leptin receptor binding / positive regulation of luteinizing hormone secretion / bone growth / regulation of natural killer cell activation / glycerol biosynthetic process / elastin metabolic process / leptin-mediated signaling pathway / positive regulation of hepatic stellate cell activation / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of monoatomic ion transport / regulation of intestinal cholesterol absorption / regulation of bone remodeling / regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of nitric-oxide synthase activity / adult feeding behavior / activation of protein kinase C activity / bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of cartilage development / sexual reproduction / ovulation from ovarian follicle / negative regulation of appetite / positive regulation of developmental growth / leukocyte tethering or rolling / energy reserve metabolic process / bile acid metabolic process / cellular response to leptin stimulus / negative regulation of D-glucose import / prostaglandin secretion / cardiac muscle hypertrophy / Signaling by Leptin / cell surface receptor signaling pathway via STAT / hormone metabolic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intestinal absorption / insulin secretion / aorta development / negative regulation of vasoconstriction / peptide hormone receptor binding / regulation of gluconeogenesis / eating behavior / fatty acid beta-oxidation / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / central nervous system neuron development / response to dietary excess / negative regulation of lipid storage / T cell differentiation / response to vitamin E / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of TOR signaling / regulation of angiogenesis / adipose tissue development / phagocytosis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / energy homeostasis / cellular response to retinoic acid / positive regulation of interleukin-12 production / regulation of insulin secretion / negative regulation of autophagy / cholesterol metabolic process / response to activity / positive regulation of interleukin-8 production / female pregnancy / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / determination of adult lifespan / response to insulin / placenta development / hormone activity / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / regulation of blood pressure / positive regulation of interleukin-6 production / lipid metabolic process / positive regulation of protein import into nucleus / cellular response to insulin stimulus / circadian rhythm / glucose metabolic process / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / glucose homeostasis / response to estradiol / positive regulation of cold-induced thermogenesis / angiogenesis / response to ethanol / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle
類似検索 - 分子機能
Leptin / Leptin / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Fan, X. / Qin, R. / Yuan, W. / Fan, J. / Huang, W. / Lin, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22274111 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: The solution structure of human leptin reveals a conformational plasticity important for receptor recognition.
著者: Fan, X. / Qin, R. / Yuan, W. / Fan, J.S. / Huang, W. / Lin, Z.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0411
ポリマ－16,0411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Leptin / Obese protein / Obesity factor


分子量: 16041.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LEP, OB, OBS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41159
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CO)CA
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic14D time-shared 13C, 15N-edited NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.8 mM [U-13C; U-15N] leptin, 95% H2O/5% D2O / Label: 15N/13C_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 0.8 mM / 構成要素: leptin / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 5 mM / Label: 15N/13C / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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