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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k6u | ||||||
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タイトル | Serial Femtosecond X-ray structure of E.coli Cyanase with un-modeled density at active site | ||||||
要素 | Cyanate hydratase | ||||||
キーワード | LYASE / bi-substrate enzyme / enzyme reaction / room temperature | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J. / Nam, K.H. / Cho, Y. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Structural mechanism of Escherichia coli cyanase. 著者: Kim, J. / Kim, Y. / Park, J. / Nam, K.H. / Cho, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k6u.cif.gz | 311.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k6u.ent.gz | 252.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k6u_validation.pdf.gz | 470.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k6u_full_validation.pdf.gz | 479.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8k6u_validation.xml.gz | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k6u_validation.cif.gz | 48.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/8k6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/8k6u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17481.266 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: cynS, cnt, b0340, JW0331 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00816, cyanase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.3 詳細: 50mM Tris-Cl (pH 7.3), 50 mM potassium phosphate, and 2.5 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: NCI / 波長: 1.305 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.305 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→75.9 Å / Num. obs: 266307 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 295.4 % / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / R split: 0.18 / Net I/σ(I): 4.54 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 18842 / CC1/2: 0.35 / R split: 0.83 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→57.13 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→57.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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