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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k6o | ||||||
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タイトル | Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / neuropeptide Y receptor 1 / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic polypeptide receptor activity / peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / synaptic signaling via neuropeptide / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / neuropeptide Y receptor binding / neuropeptide receptor activity / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of appetite / adult feeding behavior ...pancreatic polypeptide receptor activity / peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / synaptic signaling via neuropeptide / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / neuropeptide Y receptor binding / neuropeptide receptor activity / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of appetite / adult feeding behavior / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of urine volume / negative regulation of adenylate cyclase activity / neuropeptide hormone activity / neuropeptide binding / positive regulation of neural precursor cell proliferation / feeding behavior / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / negative regulation of synaptic transmission / outflow tract morphogenesis / central nervous system neuron development / neuronal dense core vesicle / regulation of calcium ion transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / negative regulation of apoptotic signaling pathway / neuropeptide signaling pathway / regulation of multicellular organism growth / calcium channel regulator activity / GABA-ergic synapse / Adenylate cyclase inhibitory pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / response to nutrient / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / sensory perception of pain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / locomotory behavior / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / regulation of blood pressure / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cerebral cortex development / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / glucose metabolic process / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / midbody / G alpha (i) signalling events / cell body / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / chemical synaptic transmission / Extra-nuclear estrogen signaling 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
![]() | Shen, S.Y. / Zhao, C. / Shao, Z.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 著者: Shen, S.Y. / Shao, Z.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 171.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36925MC ![]() 8k6mC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 40516.891 Da / 分子数: 1 / 変異: S47N,G204A,E246A,A327S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P04899 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 39141.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P62873 |
#3: タンパク質 | 分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P59768 |
-タンパク質 / 抗体 / タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 DSE
#4: タンパク質 | 分子量: 39586.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P25929 |
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#5: 抗体 | 分子量: 28636.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4247.706 Da / 分子数: 1 / 変異: I31L,Q34P / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 57 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77909 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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