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- PDB-8k62: Crystal structure of ALKBH1 and 13h complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k62
タイトルCrystal structure of ALKBH1 and 13h complex.
要素Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / inhibitor / DNA 6mA demethylase / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational initiation by tRNA modification / positive regulation of gene expression, epigenetic / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / regulation of translational elongation / tRNA demethylase activity / oxidative RNA demethylation / tRNA wobble cytosine modification / DNA oxidative demethylase / regulation of mitochondrial translation ...regulation of translational initiation by tRNA modification / positive regulation of gene expression, epigenetic / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / regulation of translational elongation / tRNA demethylase activity / oxidative RNA demethylation / tRNA wobble cytosine modification / DNA oxidative demethylase / regulation of mitochondrial translation / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / RNA repair / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / regulation of translational initiation / chemoattractant activity / developmental growth / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / placenta development / euchromatin / ferrous iron binding / neuron migration / neuron projection development / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / tRNA binding / DNA repair / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.991 Å
データ登録者Liang, X. / Yinping, G. / Feng, L. / Jiang, Z. / Ke, X. / Shengyong, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81930125 中国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Discovery of a Potent and Cell-Active Inhibitor of DNA 6mA Demethylase ALKBH1.
著者: Xiong, L. / Li, F. / Guo, Y. / Zhang, J. / Xu, K. / Xiong, Z. / Tong, A. / Li, L. / Yang, S.
履歴
登録2023年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3233
ポリマ－43,8881
非ポリマー4352
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.502, 56.502, 192.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Nucleic acid dioxygenase ALKBH1 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 1 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase ABH1 / DNA ...Alkylated DNA repair protein alkB homolog 1 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase ABH1 / DNA 6mA demethylase / DNA N6-methyl adenine demethylase ALKBH1 / DNA lyase ABH1 / DNA oxidative demethylase ALKBH1 / mRNA N(3)-methylcytidine demethylase


分子量: 43887.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH1, ABH, ABH1, ALKBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13686, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q13686, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, DNA N6-methyladenine demethylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, DNA oxidative demethylase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IAU / 1-[5-[[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]methoxy]pyrimidin-2-yl]pyrazole-4-carboxylic acid


分子量: 380.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11F3N4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M imidazole, pH7.0, 20% Polyrthylene glycol 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→47.42 Å / Num. obs: 20666 / % possible obs: 86.9 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.89 / Net I/σ(I): 20.5 / Num. measured all: 412841
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / % possible obs: 67.8 % / 冗長度: 18.9 % / Rmerge(I) obs: 1.6 / Num. measured all: 44551 / Num. unique obs: 2353 / CC1/2: 0.938 / Rpim(I) all: 0.372 / Rrim(I) all: 1.644 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IE2

6ie2


解像度: 1.991→34.278 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 1996 9.81 %
Rwork0.2043 --
obs0.2114 20341 85.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.991→34.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2607 0 28 42 2677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3373680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2381607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.991-2.04040.42351590.37921509X-RAY DIFFRACTION99
2.0404-2.09560.3874560.331506X-RAY DIFFRACTION33
2.0956-2.15720.35371670.29561485X-RAY DIFFRACTION99
2.1572-2.22680.38931520.28261412X-RAY DIFFRACTION99
2.2268-2.30640.3715950.2516828X-RAY DIFFRACTION95
2.3064-2.39870.33261620.2671512X-RAY DIFFRACTION99
2.3987-2.50790.31291610.24611516X-RAY DIFFRACTION99
2.5079-2.64010.31571640.23111510X-RAY DIFFRACTION99
2.6401-2.80540.30731040.21421000X-RAY DIFFRACTION65
2.8054-3.02190.28411660.23191504X-RAY DIFFRACTION100
3.0219-3.32580.2741670.21281546X-RAY DIFFRACTION100
3.3258-3.80650.28931210.18631122X-RAY DIFFRACTION74
3.8065-4.79370.23671510.161387X-RAY DIFFRACTION91
4.7937-34.20.22451710.16381508X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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