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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k60 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Streptomyces coelicolor transcription initiation complex with the global transcription factor AfsR | ||||||
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![]() | GENE REGULATION / transcription factor / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / nucleoid / phosphorelay signal transduction system / sigma factor activity / antibiotic biosynthetic process / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / ADP binding ...pigment binding / bacterial-type RNA polymerase holo enzyme binding / nucleoid / phosphorelay signal transduction system / sigma factor activity / antibiotic biosynthetic process / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / ADP binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Lin, W. / Shi, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into transcription activation of the Streptomyces antibiotic regulatory protein, AfsR 著者: Shi, J. / Ye, Z. / Feng, Z. / Wen, A. / Wang, L. / Zhang, Z. / Xu, L. / Song, Q. / Wang, F. / Liu, T. / Wang, S. / Feng, Y. / Lin, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 745.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 577.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 105 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 163.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36914MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 6分子 ABKCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36734.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoA, SCO4729, SC6G4.07 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 128644.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoB, SCO4654, SCD82.26 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 144807.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoC, SCO4655, SCD40A.01, SCD82.27 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 9716.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rpoZ, SCO1478, SC9C5.02c / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 3分子 FIJ
#5: タンパク質 | 分子量: 56017.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hrdB, sigA, SCO5820, SC5B8.10 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 105842.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: afsR, afsB, SCO4426, SCD6.04c / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 GH
#6: DNA鎖 | 分子量: 18177.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 18360.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#10: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Streptomyces coelicolor transcription initiation complex with the global transcription factor AfsR タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 231221 / 対称性のタイプ: POINT |