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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k5s | ||||||
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タイトル | The structure of EntE with 3-(prop-2-yn-1-yloxy)benzoic acid sulfamoyl adenosine | ||||||
![]() | Enterobactin synthase component E | ||||||
![]() | LIGASE / Adenylation / ATP binding / Nonribosomal peptide synthetase / Biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2,3-dihydroxybenzoate-[aryl-carrier protein] ligase / enterobactin synthase / 2,3-dihydroxybenzoate--[aryl-carrier protein] ligase / 2,3-dihydroxybenzoate-serine ligase activity / enterobactin biosynthetic process / acyltransferase activity / ATP binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Miyanaga, A. / Ishikawa, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Reprogrammed aryl acid adenylation domain with an enlarged substrate binding pocket 著者: Ishikawa, F. / Miyanaga, A. / Kudo, F. / Eguchi, T. / Tanabe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 211.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k5tC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 528 / Label seq-ID: 3 - 528
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61333.227 Da / 分子数: 2 / 変異: N235G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P10378, enterobactin synthase, 2,3-dihydroxybenzoate-[aryl-carrier protein] ligase #2: 化合物 | 分子量: 504.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N6O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES-Na, MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月7日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 35229 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.8 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4630 / CC1/2: 0.832 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.61 Å2 / Biso mean: 35.236 Å2 / Biso min: 8.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→45.56 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 16694 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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