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- PDB-8k5r: CDK9/cyclin T1 in complex with KB-0742 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k5r
タイトルCDK9/cyclin T1 in complex with KB-0742
要素
  • Cyclin-T1
  • Cyclin-dependent kinase 9
キーワードTRANSCRIPTION / KB-0742 / CDK9/cyclin T1 / CDK9 / cyclin T1
機能・相同性
機能・相同性情報


P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity ...P-TEFb complex / Interactions of Tat with host cellular proteins / nucleus localization / 7SK snRNA binding / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / regulation of muscle cell differentiation / regulation of mRNA 3'-end processing / positive regulation of protein localization to chromatin / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / transcription elongation factor activity / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation by host of viral transcription / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / RNA polymerase binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of protein localization to chromatin / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / cellular response to cytokine stimulus / replication fork processing / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / cyclin-dependent kinase / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / regulation of DNA repair / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / transcription elongation factor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / molecular condensate scaffold activity / transcription coactivator binding / PML body / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / kinase activity / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / cell population proliferation / protein kinase activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site ...: / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VQE / Cyclin-T1 / Cyclin-dependent kinase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.751 Å
データ登録者Zhou, M. / Li, H. / Gao, H. / Trotter, B.W. / Freeman, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of KB-0742, a Potent, Selective, Orally Bioavailable Small Molecule Inhibitor of CDK9 for MYC-Dependent Cancers.
著者: Freeman, D.B. / Hopkins, T.D. / Mikochik, P.J. / Vacca, J.P. / Gao, H. / Naylor-Olsen, A. / Rudra, S. / Li, H. / Pop, M.S. / Villagomez, R.A. / Lee, C. / Li, H. / Zhou, M. / Saffran, D.C. / ...著者: Freeman, D.B. / Hopkins, T.D. / Mikochik, P.J. / Vacca, J.P. / Gao, H. / Naylor-Olsen, A. / Rudra, S. / Li, H. / Pop, M.S. / Villagomez, R.A. / Lee, C. / Li, H. / Zhou, M. / Saffran, D.C. / Rioux, N. / Hood, T.R. / Day, M.A.L. / McKeown, M.R. / Lin, C.Y. / Bischofberger, N. / Trotter, B.W.
履歴
登録2023年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 9
B: Cyclin-T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3833
ポリマ－68,0952
非ポリマー2871
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area27900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.502, 171.502, 96.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 9


分子量: 38057.047 Da / 分子数: 1 / 変異: S7D,V8N,K44R,Y138F,K280A,D307E,N311E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P50750
#2: タンパク質 Cyclin-T1


分子量: 30038.352 Da / 分子数: 1 / 変異: R26A,Q77R,E96G,K106R,F241L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNT1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60563
#3: 化合物 ChemComp-VQE / (1S,3S)-N3-(5-pentan-3-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl)cyclopentane-1,3-diamine


分子量: 287.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M K3 citrate, 20% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→85.751 Å / Num. obs: 10792 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 3.75→4.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.683 / Num. unique obs: 3092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.751→85.751 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.246 / WRfactor Rwork: 0.2 / SU B: 42.14 / SU ML: 0.551 / Average fsc free: 0.9538 / Average fsc work: 0.9625 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.625 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 537 4.977 %
Rwork0.2002 10252 -
all0.203 --
obs-10789 99.732 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 200.665 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.508 Å2-1.254 Å20 Å2
2---2.508 Å2-0 Å2
3---8.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.751→85.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4537 0 21 0 4558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0124661
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0164330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8561.6516321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.31.56510092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6125552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg2.549532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.4910831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg11.49210218
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0390.2711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2970
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.190.24150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.22432
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0960.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2220.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0960.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.71920.5172226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.71920.5172226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it15.46530.7592772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other15.46230.7592773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.46520.892435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.46320.8892436
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.96331.1613549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.96231.163550
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it19.833254.795253
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other19.832254.7635254
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.751-3.8480.375340.3767940.3768280.9060.91000.376
3.848-3.9530.349580.3396970.347550.9290.9211000.339
3.953-4.0680.308290.2817330.2827620.9340.9481000.281
4.068-4.1930.298420.2377000.2417420.9490.9661000.237
4.193-4.330.256470.2396560.2417030.9640.9651000.239
4.33-4.4810.329260.2226670.2266930.9380.9681000.222
4.481-4.650.224290.1936430.1956720.9670.9761000.193
4.65-4.8390.231250.2015900.2026150.9680.9751000.201
4.839-5.0540.259320.2015950.2046270.9620.9741000.201
5.054-5.2990.257320.1915550.1955870.9610.981000.191
5.299-5.5850.299170.2115510.2135690.9470.97599.82430.211
5.585-5.9220.352210.2114940.2175160.9540.97699.80620.211
5.922-6.3290.266340.2154540.2184900.9710.97499.59180.215
6.329-6.8330.223200.2264460.2264670.9720.97399.78590.226
6.833-7.480.313110.1874210.1914350.9680.97899.31030.187
7.48-8.3550.204240.1543430.1573690.9760.98599.4580.154
8.355-9.6320.174170.1343290.1363500.9850.98998.85710.134
9.632-11.760.198130.1462730.1482910.9660.98898.28180.146
11.76-16.4770.217180.1521980.1582190.9760.98598.63010.152
16.477-85.7510.27180.3691120.3621270.9510.87894.48820.369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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