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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k5j | ||||||
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タイトル | The structure of SenA in complex with N,N,N-trimethyl-histidine | ||||||
要素 | selenoneine synthase SenA | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / selenoneine synthase / nonheme iron enzyme | ||||||
機能・相同性 | N,N,N-trimethyl-histidine / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Variovorax paradoxus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, M. / Yang, Y. / Huang, J.-W. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023 タイトル: Structural insights into a novel nonheme iron-dependent oxygenase in selenoneine biosynthesis. 著者: Liu, M. / Yang, Y. / Huang, J.W. / Dai, L. / Zheng, Y. / Cheng, S. / He, H. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k5j.cif.gz | 204.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k5j.ent.gz | 158 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k5j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/8k5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/8k5j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8k5iC 8k5kC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47102.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Variovorax paradoxus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-AVJ / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M Tris/HCl pH 8.0, 0.2 M ammonium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→22.48 Å / Num. obs: 97669 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.784 / Net I/σ(I): 30.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique obs: 8833 / % possible all: 86.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→22.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.055 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.021 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.3→22.48 Å
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拘束条件 |
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