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- PDB-8k50: Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k50
タイトルCrystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptide (VVVGARGVGK)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
  • KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)
キーワードIMMUNE SYSTEM / cancer immunotherapy
機能・相同性
機能・相同性情報


forebrain astrocyte development / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / CD8 receptor binding ...forebrain astrocyte development / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / CD8 receptor binding / type I pneumocyte differentiation / regulation of synaptic transmission, GABAergic / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / Rac protein signal transduction / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of Rac protein signal transduction / endoplasmic reticulum exit site / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / glial cell proliferation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC-mediated cascade:FGFR3 / T cell receptor binding / MET activates RAS signaling / detection of bacterium / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / membrane-membrane adaptor activity / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of glial cell proliferation / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / homeostasis of number of cells within a tissue / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / striated muscle cell differentiation / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / GRB2 events in ERBB2 signaling / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC1 events in ERBB2 signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Downstream signal transduction / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / : / : / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / small monomeric GTPase / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / VEGFR2 mediated cell proliferation / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / FCERI mediated MAPK activation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / RAF activation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Small GTPase ...Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Small GTPase / Ras family / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Rab subfamily of small GTPases / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase KRas / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Xu, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1302200 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)
著者: Xu, Y.
履歴
登録2023年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)
D: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)
G: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)
J: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,14812
ポリマ－188,14812
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0373
ポリマ－47,0373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0373
ポリマ－47,0373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
3
G: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0373
ポリマ－47,0373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
4
J: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0373
ポリマ－47,0373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.289, 121.845, 133.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Human leukocyte antigen A / HLA-A


分子量: 31986.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04439
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 14165.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
KRAS G12V peptide (VVVGAVGVGK)


分子量: 885.082 Da / 分子数: 4 / Mutation: G12V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 47325 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 48.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.98
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 4698 / CC1/2: 0.917

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660位相決定
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→44.98 Å / SU ML: 0.3659 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.4461
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 3777 4.18 %
Rwork0.2226 86581 -
obs0.225 47325 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12534 0 0 0 12534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002612864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.511217443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04081774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00322307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.42171730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.830.39491340.32873201X-RAY DIFFRACTION98.73
2.83-2.870.26771290.29053217X-RAY DIFFRACTION99.79
2.87-2.910.36481380.29013218X-RAY DIFFRACTION99.88
2.91-2.950.35611580.29373202X-RAY DIFFRACTION99.91
2.95-2.990.32561320.27653179X-RAY DIFFRACTION99.85
2.99-3.040.35881410.27423219X-RAY DIFFRACTION99.91
3.04-3.090.33261490.27173163X-RAY DIFFRACTION99.61
3.09-3.140.39441260.27243232X-RAY DIFFRACTION99.76
3.14-3.20.30541580.25943199X-RAY DIFFRACTION99.79
3.2-3.260.33591380.24543201X-RAY DIFFRACTION99.73
3.26-3.330.33461230.25133243X-RAY DIFFRACTION99.94
3.33-3.40.29571510.23863188X-RAY DIFFRACTION99.91
3.4-3.480.35171480.23683220X-RAY DIFFRACTION99.94
3.48-3.570.23871270.22723197X-RAY DIFFRACTION99.88
3.57-3.660.25391520.23013217X-RAY DIFFRACTION99.94
3.66-3.770.26911470.23123229X-RAY DIFFRACTION99.91
3.77-3.890.25751490.22893187X-RAY DIFFRACTION99.94
3.89-4.030.35141270.21013221X-RAY DIFFRACTION99.88
4.03-4.190.311430.21333196X-RAY DIFFRACTION99.97
4.19-4.380.25571400.20113191X-RAY DIFFRACTION99.94
4.38-4.610.21461360.18673243X-RAY DIFFRACTION99.91
4.61-4.90.23851450.17753213X-RAY DIFFRACTION100
4.9-5.280.29771340.19013214X-RAY DIFFRACTION99.88
5.28-5.810.23311370.19913226X-RAY DIFFRACTION99.88
5.81-6.650.28531410.22043189X-RAY DIFFRACTION99.94
6.65-8.370.22741390.19543213X-RAY DIFFRACTION99.88
8.37-44.980.19431350.18643163X-RAY DIFFRACTION98.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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