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- PDB-8k4v: Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k4v
タイトルCrystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
  • KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)
キーワードIMMUNE SYSTEM / cancer immunotherapy
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / response to mineralocorticoid / GMP binding / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / forebrain astrocyte development / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation ...positive regulation of memory T cell activation / response to mineralocorticoid / GMP binding / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / forebrain astrocyte development / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of epithelial cell differentiation / response to isolation stress / CD8 receptor binding / response to gravity / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / type I pneumocyte differentiation / Rac protein signal transduction / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / positive regulation of Rac protein signal transduction / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / TAP binding / myoblast proliferation / skeletal muscle cell differentiation / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of glial cell proliferation / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / SHC1 events in ERBB4 signaling / cardiac muscle cell proliferation / Signalling to RAS / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / detection of bacterium / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / glial cell proliferation / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / T cell receptor binding / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / striated muscle cell differentiation / Signaling by FGFR2 in disease / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FGFR1 in disease / homeostasis of number of cells within a tissue / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / response to glucocorticoid / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / VEGFR2 mediated cell proliferation / transferrin transport / small monomeric GTPase / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / FCERI mediated MAPK activation / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Rab subfamily of small GTPases / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase KRas / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.095 Å
データ登録者Xu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1302200 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)
著者: Xu, Y.
履歴
登録2023年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)
D: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)
G: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)
J: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,38112
ポリマ－188,38112
非ポリマー00
水00
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0953
ポリマ－47,0953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0953
ポリマ－47,0953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
3
G: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
H: Beta-2-microglobulin
I: KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0953
ポリマ－47,0953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA
4
J: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
K: Beta-2-microglobulin
L: KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0953
ポリマ－47,0953
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.648, 121.602, 155.814
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
101GLYGLYLYSLYS(chain 'A' and (resid 25 through 93 or resid 95 through 299))AA25 - 922 - 69
111SERSERTRPTRP(chain 'A' and (resid 25 through 93 or resid 95 through 299))AA95 - 29872 - 275
201GLYGLYLYSLYS(chain 'D' and (resid 25 through 93 or resid 95 through 299))DD25 - 922 - 69
211SERSERTRPTRP(chain 'D' and (resid 25 through 93 or resid 95 through 299))DD95 - 29872 - 275
301GLYGLYLYSLYS(chain 'G' and (resid 25 through 93 or resid 95 through 299))GG25 - 922 - 69
311SERSERTRPTRP(chain 'G' and (resid 25 through 93 or resid 95 through 299))GG95 - 29872 - 275
401GLYGLYLYSLYS(chain 'J' and (resid 25 through 93 or resid 95 through 299))JJ25 - 922 - 69
411SERSERTRPTRP(chain 'J' and (resid 25 through 93 or resid 95 through 299))JJ95 - 29872 - 275
102METMETMETMETchain 'B'BB0 - 991 - 100
212METMETMETMETchain 'E'EE0 - 991 - 100
322METMETMETMETchain 'H'HH0 - 991 - 100
432METMETMETMETchain 'K'KK0 - 991 - 100
103VALVALVALVALchain 'F'FF1 - 31 - 3
113GLYGLYLYSLYSchain 'F'FF7 - 107 - 10
203VALVALVALVALchain 'I'II1 - 31 - 3
213GLYGLYLYSLYSchain 'I'II7 - 107 - 10
303VALVALVALVALchain 'L'LL1 - 31 - 3
313GLYGLYLYSLYSchain 'L'LL7 - 107 - 10

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Human leukocyte antigen A / HLA-A


分子量: 31986.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04439
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 14165.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK)


分子量: 943.145 Da / 分子数: 4 / Mutation: G12R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.095→50 Å / Num. obs: 41628 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 52.9 Å2 / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 5.51
反射 シェル解像度: 3.095→3.205 Å / Num. unique obs: 52883 / CC1/2: 0.716

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.095→25.39 Å / SU ML: 0.5311 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.1212
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3474 3762 4.78 %
Rwork0.2957 74937 -
obs0.2981 41628 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.095→25.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12540 0 0 0 12540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002412897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.570717488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04151774
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.69481736
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.095-3.130.44421230.41162540X-RAY DIFFRACTION90.61
3.13-3.170.37651530.38672779X-RAY DIFFRACTION99.52
3.17-3.220.42361250.37342786X-RAY DIFFRACTION99.22
3.22-3.260.41511390.37172797X-RAY DIFFRACTION99.76
3.26-3.310.441300.37252810X-RAY DIFFRACTION99.73
3.31-3.360.41271460.37092775X-RAY DIFFRACTION99.83
3.36-3.420.43621370.35582801X-RAY DIFFRACTION99.8
3.42-3.480.3691310.33572828X-RAY DIFFRACTION99.76
3.48-3.540.36421560.31372737X-RAY DIFFRACTION99.59
3.54-3.610.33081520.33422790X-RAY DIFFRACTION99.49
3.61-3.680.38451240.32162787X-RAY DIFFRACTION99.62
3.68-3.760.42081380.30182785X-RAY DIFFRACTION99.73
3.76-3.850.41511320.29472818X-RAY DIFFRACTION99.53
3.85-3.950.38351500.29572762X-RAY DIFFRACTION99.39
3.95-4.050.30771390.29222777X-RAY DIFFRACTION99.56
4.05-4.170.35071480.28462761X-RAY DIFFRACTION99.45
4.17-4.30.31021480.26272750X-RAY DIFFRACTION99.35
4.3-4.460.30231220.25272835X-RAY DIFFRACTION99.7
4.46-4.640.25961450.25042767X-RAY DIFFRACTION99.73
4.64-4.840.27431400.24652783X-RAY DIFFRACTION99.39
4.84-5.10.3061500.26792772X-RAY DIFFRACTION99.66
5.1-5.410.29881400.26192784X-RAY DIFFRACTION99.63
5.42-5.830.3421420.28652791X-RAY DIFFRACTION99.52
5.83-6.410.36551490.29792782X-RAY DIFFRACTION99.63
6.41-7.310.39171360.28632780X-RAY DIFFRACTION99.62
7.31-9.140.3241380.24752788X-RAY DIFFRACTION99.39
9.14-25.390.3021290.26012772X-RAY DIFFRACTION98.71

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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