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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k4o | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus-G Protein-Coupled Receptor (KSHV-GPCR)in complex with CXC chemokine CXCL1 | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Kaposi's Sarcoma Herpesvirus GPCR / KSHV-GPCR / chemokine | ||||||
機能・相同性 | ![]() CXCR chemokine receptor binding / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / Interleukin-10 signaling / G protein-coupled serotonin receptor binding / enzyme activator activity / neutrophil chemotaxis ...CXCR chemokine receptor binding / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / Interleukin-10 signaling / G protein-coupled serotonin receptor binding / enzyme activator activity / neutrophil chemotaxis / calcium-mediated signaling / growth factor activity / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / specific granule lumen / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / GPER1 signaling / chemotaxis / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / tertiary granule lumen / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / nervous system development / cell cortex / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / actin cytoskeleton organization / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / cell population proliferation / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / intracellular signal transduction / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / cell division / lysosomal membrane / signaling receptor binding / GTPase activity / centrosome / synapse / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å | ||||||
![]() | Liu, Y.Z. / Liu, A.J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Kaposi's Sarcoma Herpesvirus GPCR (KSHV-GPCR)in complex with CXCL1 著者: Liu, Y.Z. / Liu, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 208.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36888MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37881.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORF74 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q76SF8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 6727.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P09341 |
#3: タンパク質 | 分子量: 36956.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P62873 |
#4: タンパク質 | 分子量: 39914.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A6P3VR35 |
#5: タンパク質 | 分子量: 6001.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A663LQV7 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus-G Protein-Coupled Receptor (KSHV-GPCR)in complex with CXC chemokine CXCL1 and Gi protein タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107180 / 対称性のタイプ: POINT |