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- PDB-8k4l: Crystal structure of NRF1 homodimer in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k4l
タイトルCrystal structure of NRF1 homodimer in complex with DNA
要素
  • DNA (14-MER)
  • Nuclear respiratory factor 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Nuclear respiratory factor 1 / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / 核質 ...Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Nuclear respiratory factor 1, NLS/DNA-binding, dimerisation domain / NRF1/Ewg family / NLS-binding and DNA-binding and dimerisation domains of Nrf1
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Nuclear respiratory factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, K. / Li, W.F. / Min, J.R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of specific DNA sequence recognition by NRF1.
著者: Liu, K. / Li, W. / Xiao, Y. / Lei, M. / Zhang, M. / Min, J.
履歴
登録2023年7月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear respiratory factor 1
B: Nuclear respiratory factor 1
C: DNA (14-MER)
D: DNA (14-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3875
ポリマ－60,2954
非ポリマー921
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9540 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.757, 118.827, 121.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear respiratory factor 1 / NRF-1 / Alpha palindromic-binding protein / Alpha-pal


分子量: 25866.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16656
#2: DNA鎖 DNA (14-MER)


分子量: 4280.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2% (v/v) Tacsimate (pH 6.0), 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5),20% (w/v) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.53 Å / Num. obs: 32991 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 2615 / CC1/2: 0.955

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→38.43 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 1598 4.86 %
Rwork0.1932 --
obs0.1957 32910 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3140 568 6 307 4021
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0615328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.18704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.170.26651200.23422771X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.250.3131300.23552831X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.340.31091400.23352781X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.440.27861450.23292806X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.570.30271600.22462796X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.730.2931370.22632843X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.940.29611410.2442836X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.240.27531670.2232814X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.710.22031470.18542880X-RAY DIFFRACTION100
3.71-4.670.23011440.15632908X-RAY DIFFRACTION100
4.67-38.430.19181670.16493046X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.8827 Å / Origin y: 2.4757 Å / Origin z: -16.2569 Å
111213212223313233
T0.2209 Å2-0.008 Å2-0.0133 Å2-0.2507 Å2-0.0111 Å2--0.2561 Å2
L1.1253 °2-0.1561 °20.0098 °2-1.6923 °2-0.2681 °2--1.1016 °2
S0.0836 Å °0.0112 Å °-0.0169 Å °-0.2699 Å °-0.117 Å °0.0008 Å °0.1825 Å °-0.0416 Å °0.031 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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