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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k4i | ||||||
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タイトル | Crystal structure of YajQ STM0435 | ||||||
![]() | YajQ | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF520 / UPF0234, N-terminal / YajQ-like superfamily / Protein of unknown function (DUF520) / UPF0234-like, C-terminal / UPF0234 protein YajQ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dai, Y. / Zhang, M. / Wang, W. / Li, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A c-di-GMP binding effector STM0435 modulates flagellar motility and pathogenicity in Salmonella 著者: Dai , Y. / Liu , R. / Yue , Y. / Song , N. / Jia , H. / Ma , Z. / Gao , X. / Zhang , M. / Yuan , X. / Liu , Q. / Liu , X. / Li , B. / Wang , W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k5qC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18344.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: yajQ / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.53 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Lithium acetate dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→39.5 Å / Num. obs: 23099 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 33.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.56 Å / Num. unique obs: 1748 / CC1/2: 0.917 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→32.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.652 Å / Origin y: -1.5997 Å / Origin z: -2.3513 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |