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- PDB-8k4d: Structure of the SA2/Scc1/CENP_U complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k4d
タイトルStructure of the SA2/Scc1/CENP_U complex
要素
  • 64-kDa C-terminal product
  • CENP-U
  • Cohesin subunit SA-2
キーワードCELL CYCLE / inner kinetochore / cohesion
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of sister chromatid cohesion / meiotic cohesin complex / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of glial cell apoptotic process ...negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of sister chromatid cohesion / meiotic cohesin complex / Cohesin Loading onto Chromatin / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of glial cell apoptotic process / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / chromatin looping / reciprocal meiotic recombination / lncRNA binding / sister chromatid cohesion / negative regulation of interleukin-1 beta production / mitotic spindle pole / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein localization to chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Meiotic synapsis / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / fibrillar center / nuclear matrix / spindle pole / Separation of Sister Chromatids / double-strand break repair / chromosome / midbody / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / Estrogen-dependent gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / response to hypoxia / cell division / apoptotic process / chromatin binding / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / Stromalin conservative domain / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA ...: / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / Stromalin conservative domain / STAG / Stromalin conservative domain / Cohesin subunit Scc3/SA / STAG domain / Stromalin conservative (SCD) domain profile. / ScpA-like, C-terminal / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-strand-break repair protein rad21 homolog / Cohesin subunit SA-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Liu, M.J. / He, X.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The CENP-O complex links inner kinetochore to centromere cohesion
著者: Liu, M.J. / He, X.J.
履歴
登録2023年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cohesin subunit SA-2
B: 64-kDa C-terminal product
C: CENP-U


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,7433
ポリマ－130,7433
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area48860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.321, 132.615, 148.001
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cohesin subunit SA-2 / SCC3 homolog 2 / Stromal antigen 2


分子量: 113480.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N3U4
#2: タンパク質 64-kDa C-terminal product / 64-kDa carboxy-terminal product / 65-kDa carboxy-terminal product


分子量: 16180.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60216
#3: タンパク質・ペプチド CENP-U


分子量: 1081.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.03 M CaCl2,0.03 M MgCl2, 0.1 M MOPS-HEPES, pH7.5, 10% PEG8000, 20% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.52→49.43 Å / Num. obs: 19789 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 10.39
反射 シェル解像度: 3.52→3.65 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 1830 / CC1/2: 0.528 / CC star: 0.831 / Rpim(I) all: 0.52 / Rrim(I) all: 0.74 / % possible all: 93.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.52→49.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 36.647 / SU ML: 0.526 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.639 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26943 1036 5.2 %RANDOM
Rwork0.22017 ---
obs0.22275 18753 99.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 138.582 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.43 Å2-0 Å20 Å2
2--1.27 Å2-0 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.52→49.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8141 0 0 0 8141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0138281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.63711161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6071.57618171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5465991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09123.152441
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.003151577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7061546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21091
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.77314.6623997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.77414.6633996
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it16.78221.9894977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other16.78121.9884978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.99715.2834283
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.99715.2864281
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.99122.6736184
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined24.07434077
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other24.07434076
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.524→3.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 62 -
Rwork0.342 1269 -
obs--90.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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