PDB-8k3f: Crystal structure of the recombination mediator protein RecR from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k3f

タイトル

Crystal structure of the recombination mediator protein RecR from Campylobacter jejuni

要素

Recombination protein RecR

キーワード

RECOMBINATION / Recombination mediator protein

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA recombination / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.603 Å

データ登録者

Lee, S.J. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of the Recombination Mediator Protein RecR from Campylobacter jejuni.
著者: Lee, S.J. / Ahn, S.Y. / Oh, H.B. / Kim, S.Y. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2023年7月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8k3f_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k3f_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	8k3f_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	8k3f_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/8k3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/8k3f	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (2) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Recombination protein RecR

B: Recombination protein RecR

C: Recombination protein RecR

D: Recombination protein RecR

ヘテロ分子

88.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	231.427, 64.186, 74.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Recombination protein RecR 分子量: 22091.568 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: recR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U0QSA2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: ethanol, Hepes, magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 32226 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1614 / CC_1/2: 0.666 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.603→29.178 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	1616	5.02 %
R_work	0.2066	-	-
obs	0.2086	32221	96.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.603→29.178 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5659	0	4	32	5695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5742
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.63	7791
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.795	2042
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	954
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6031-2.6797	0.3795	133	0.3336	2448	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6797-2.7661	0.3109	169	0.2963	2549	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7661-2.8649	0.3001	146	0.262	2569	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8649-2.9795	0.2942	118	0.2559	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9795-3.1149	0.2918	113	0.248	2594	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1149-3.2789	0.2903	141	0.2552	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2789-3.4841	0.2696	131	0.2225	2554	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4841-3.7525	0.2484	143	0.201	2582	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7525-4.1292	0.2431	128	0.1769	2561	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1292-4.7246	0.1885	141	0.175	2529	X-RAY DIFFRACTION	96
4.7246-5.9442	0.2223	124	0.1866	2543	X-RAY DIFFRACTION	95
5.9442-29.178	0.2118	129	0.1729	2513	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2038	-0.844	2.777	6.9824	-0.3274	7.4103	0.3895	1.405	-0.7832	0.386	-1.7057	-2.5522	0.9536	1.6194	1.0974	0.4278	-0.0068	0.0087	0.7564	0.3156	0.9566	-41.5673	-40.1436	41.6866
2	3.8699	-0.2083	-3.3022	5.1555	-3.6405	9.9228	0.6387	-0.622	0.9867	0.4547	-0.4641	-0.4702	-0.5482	1.1482	-0.1228	0.395	-0.1127	-0.0242	0.5139	0.0068	0.5711	-50.2435	-32.2136	45.5979
3	2.9931	-1.8016	5.1831	3.6686	-1.6858	3.6298	0.1931	-1.5556	-0.1768	0.4417	0.0856	0.1634	0.2393	-1.6772	-0.195	0.4783	-0.0456	0.1032	0.7117	0.0566	0.4449	-79.5246	-32.1582	40.2134
4	9.7019	2.1165	0.8354	6.6612	-0.3725	8.4953	0.1711	0.0564	-0.7434	-0.3468	-0.0213	0.287	1.0937	-1.0128	-0.0983	0.4699	-0.0524	0.006	0.3911	0.0147	0.2888	-82.5672	-35.2262	28.4306
5	6.9816	-2.5249	-1.4283	0.6614	-1.7861	6.3944	0.0925	-0.1348	-0.6821	0.3439	0.1066	0.3371	0.6533	-0.0374	-0.2536	0.5457	-0.0626	-0.0573	0.2276	0.0666	0.55	-71.1438	-22.9772	10.4055
6	9.2447	1.2037	-2.061	6.2671	-2.5553	4.0529	0.1907	-1.061	-0.4809	0.1182	-0.1956	-0.5763	-0.0169	0.761	0.0148	0.378	-0.0177	-0.1034	0.4505	0.0809	0.4496	-37.1426	-12.1467	3.0684
7	2.3899	-1.5343	2.7334	5.2014	0.0292	2.9768	0.9192	1.763	-0.0507	-0.6982	-0.6395	0.323	0.3068	0.4633	-0.2399	0.6767	-0.0507	0.001	0.423	0.0996	0.3393	-45.5357	-11.8066	-11.1898
8	9.7862	1.2192	-2.6275	4.1122	-0.7486	6.1895	-0.2049	0.9129	-0.0067	-0.4378	0.2288	0.1477	0.1446	-0.1204	-0.0025	0.5123	-0.0103	-0.1164	0.2201	0.0339	0.2933	-69.3091	-14.7767	-6.6953
9	7.2129	0.0926	1.3367	6.1595	-0.2301	7.8213	-0.1883	-0.0406	0.8435	-0.387	0.0651	0.5078	-0.3121	-0.6928	0.0766	0.3897	0.0316	-0.0905	0.2469	0.0269	0.4814	-77.0185	-10.7472	-1.7584
10	5.5386	2.7053	1.9101	2.5102	1.7576	9.6845	-0.0196	-0.486	1.3554	-0.0209	-0.5198	1.2052	-1.4504	-1.7984	0.28	0.6684	0.2835	0.071	0.625	-0.0506	0.7192	-83.0849	-8.2493	6.4758
11	7.0595	4.5899	0.6123	3.504	-1.1133	7.0413	-0.0756	0.3632	0.1865	-0.2447	-0.1024	-0.8031	0.1119	0.4006	0.1239	0.4062	0.0735	0.0926	0.3387	0.1221	0.5552	-73.2982	-23.3337	21.8388
12	7.4401	0.9679	-1.6151	6.8983	0.3486	7.3891	0.3096	-0.3955	2.1226	0.0276	-0.4244	-0.1534	-1.3519	-0.7799	0.1143	0.5635	0.0812	-0.0558	0.449	-0.1429	0.7942	-62.8458	-26.6325	44.7276
13	5.1864	0.0451	1.4461	1.8592	-0.0573	9.9124	0.2539	0.1666	0.6573	0.037	-0.2185	-0.1986	-0.0867	0.1815	-0.0956	0.3043	-0.0206	0.0688	0.2786	0.0846	0.5607	-55.3088	-35.2377	41.9892
14	8.5142	1.7431	-5.2764	4.1562	-3.9293	10.3395	0.1167	-1.2621	-0.4251	0.2761	0.0243	0.1649	0.3736	-0.1906	-0.1964	0.4575	-0.1238	-0.1	0.9325	0.1991	0.4	-25.9394	-34.1251	45.6701
15	5.3103	1.119	1.3234	4.0696	-2.7868	8.0324	0.311	-0.4616	0.1744	0.4035	-0.2539	0.0248	-0.9662	1.0694	-0.0487	0.4407	-0.1004	0.0501	0.6882	0.028	0.3361	-18.2039	-22.341	36.2155
16	6.7459	-4.7045	-3.4166	6.8475	-0.2844	4.9819	0.5368	1.5874	-2.2355	-0.499	-0.1827	-0.7933	1.6174	-1.0289	-0.3351	0.6535	-0.1279	-0.0832	0.3999	-0.0502	0.6556	-53.296	-18.9916	-7.9174
17	4.2796	-0.2126	0.2315	1.3905	-2.8864	6.6334	-0.1119	-0.4244	-0.0813	-0.1376	-0.0362	-0.2707	-0.1354	0.374	0.118	0.4976	-0.033	-0.0345	0.2277	0.0571	0.4922	-45.8872	-10.6064	-2.1773
18	2.7024	-4.4583	2.9893	9.6045	-1.9148	9.2917	-0.2227	0.2289	0.4882	-1.326	0.476	0.3569	-0.8903	1.408	-0.1504	0.573	-0.1642	0.0114	0.8275	0.2258	0.6337	-19.2501	-12.094	-1.977
19	5.5072	-1.4649	0.4855	9.557	0.5393	8.2645	-0.06	0.5249	0.579	-0.0555	0.3194	-0.3687	-0.6535	1.0596	-0.2283	0.4964	-0.0495	0.0583	0.8164	0.185	0.4322	-16.9199	-16.1491	8.8008
20	5.1047	-0.0692	-2.4641	7.1711	-3.5531	9.8888	0.0084	0.5131	0.0026	-0.7576	0.0396	-0.1224	0.8607	1.3512	0.0031	0.4849	0.0113	-0.0532	0.8672	0.0385	0.3808	-16.1405	-26.5435	6.2497
21	5.9141	2.2609	-4.0187	2.2098	-0.851	8.906	0.1259	1.0627	-0.5258	-1.1438	-0.195	-0.6473	1.3728	1.3553	0.2528	0.9443	0.3367	0.0256	1.2712	-0.0487	0.661	-8.3585	-30.9897	9.5079
22	4.8253	-0.1006	0.3276	6.9068	-5.4079	9.1413	-0.0364	0.7734	-0.3118	-0.6364	0.7694	0.9292	0.741	-0.9813	-0.7023	0.4783	-0.0852	-0.074	0.7419	0.0743	0.3818	-24.588	-28.2446	28.8255

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 89 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 90 through 161 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 162 through 189 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 5 through 37 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 38 through 54 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 55 through 97 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 98 through 138 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 139 through 161 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 162 through 189 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 0 through 16 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 17 through 52 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 53 through 112 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 113 through 189 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 0 through 16 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 17 through 54 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 55 through 74 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 75 through 97 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 98 through 151 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 152 through 161 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 162 through 189 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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