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Yorodumi- PDB-8k3f: Crystal structure of the recombination mediator protein RecR from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8k3f | ||||||
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Title | Crystal structure of the recombination mediator protein RecR from Campylobacter jejuni | ||||||
Components | Recombination protein RecR | ||||||
Keywords | RECOMBINATION / Recombination mediator protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.603 Å | ||||||
Authors | Lee, S.J. / Yoon, S.I. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2023 Title: Structural and Biochemical Analysis of the Recombination Mediator Protein RecR from Campylobacter jejuni. Authors: Lee, S.J. / Ahn, S.Y. / Oh, H.B. / Kim, S.Y. / Song, W.S. / Yoon, S.I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8k3f.cif.gz | 301.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8k3f.ent.gz | 244.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8k3f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8k3f_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8k3f_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 8k3f_validation.xml.gz | 26.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8k3f_validation.cif.gz | 35.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/8k3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/8k3f | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22091.568 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni (Campylobacter) / Gene: recR / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A2U0QSA2 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: ethanol, Hepes, magnesium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 7A (6B, 6C1) / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 30, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→30 Å / Num. obs: 32226 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 2.8 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 19.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1614 / CC1/2: 0.666 / % possible all: 97.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.603→29.178 Å / SU ML: 0.39 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.603→29.178 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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