PDB-8k32: The complex structure of SLKARI with NADH at 2.12-angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k32

タイトル

The complex structure of SLKARI with NADH at 2.12-angstrom resolution

要素

Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Complex / ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Syntrophothermus lipocalidus

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Chen, C.Y. / Huang, C.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural bases of coenzyme specificity of thermophilic ketol-acid reductoisomerase
著者: Chen, C.Y. / Huang, C.H.

履歴

登録	2023年7月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k32.cif.gz	575.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k32.ent.gz	477.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k32_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k32_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	8k32_validation.xml.gz	63.3 KB	表示
CIF形式データ	8k32_validation.cif.gz	91.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/8k32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/8k32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ez1 PDB 未公開エントリ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (10) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (10)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

D: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

B: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
76.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

D: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.557, 131.557, 297.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-411- TRS
2	1	A-411- TRS
3	1	A-511- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) / KARI / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / AHIR / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase 分子量: 36682.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Syntrophothermus lipocalidus (strain DSM 12680 / TGB-C1) (バクテリア) 株: DSM 12680 / TGB-C1 / 遺伝子: ilvC, Slip_2160 / 発現宿主: Expression vector pET-mod (その他) 参照: UniProt: D7CJ24, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)

#1: タンパク質

Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) / KARI / Acetohydroxy-acid isomeroreductase / AHIR / Alpha-keto-beta-hydroxylacyl reductoisomerase

分子量: 36682.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Syntrophothermus lipocalidus (strain DSM 12680 / TGB-C1) (バクテリア)
株: DSM 12680 / TGB-C1 / 遺伝子: ilvC, Slip_2160 / 発現宿主: Expression vector pET-mod (その他)
参照: UniProt: D7CJ24, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 1120分子

#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1082 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 7.2, 0.2M Li2SO4, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→30 Å / Num. obs: 107691 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 34.01
反射シェル	解像度: 2.12→2.2 Å / R_merge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.67 / Num. unique obs: 10855

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.12→29.09 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	5081	4.8 %
R_work	0.1791	-	-
obs	0.1807	105887	97.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→29.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10253	0	317	1082	11652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.941	14613
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.817	1492
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1621
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1869

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.15	0.2371	144	0.2257	2365	X-RAY DIFFRACTION	70
2.15-2.17	0.2752	118	0.2297	2938	X-RAY DIFFRACTION	84
2.17-2.2	0.2744	142	0.2246	3405	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.23	0.2518	145	0.2108	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.25	0.2303	175	0.224	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.29	0.222	203	0.2066	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.32	0.2369	143	0.2219	3495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.35	0.2695	186	0.2136	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.39	0.2141	156	0.1944	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.43	0.2221	152	0.1977	3428	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.47	0.2366	169	0.1945	3455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.52	0.2249	175	0.1933	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.56	0.2146	189	0.1968	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.62	0.2367	196	0.1997	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.67	0.2815	198	0.1996	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.74	0.2457	184	0.1981	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.8	0.214	155	0.192	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.88	0.224	178	0.1962	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.96	0.2231	173	0.1904	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.06	0.239	208	0.1931	3439	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.17	0.2356	213	0.1951	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.3	0.2243	159	0.1805	3491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.45	0.1968	158	0.1743	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.63	0.2195	156	0.1578	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.85	0.1784	173	0.1528	3407	X-RAY DIFFRACTION	99
3.85-4.15	0.1975	178	0.145	3224	X-RAY DIFFRACTION	94
4.15-4.57	0.1768	168	0.1413	3318	X-RAY DIFFRACTION	96
4.57-5.22	0.1526	176	0.1444	3276	X-RAY DIFFRACTION	95
5.22-6.57	0.2078	157	0.1825	3400	X-RAY DIFFRACTION	98
6.57-29.09	0.1798	154	0.1611	3184	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 23.1973 Å / Origin y: -16.1702 Å / Origin z: -0.9732 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2107 Å²	0.0347 Å²	-0.0193 Å²	-	0.1728 Å²	0.0456 Å²	-	-	0.2066 Å²
L	0.3374 °²	0.126 °²	0.2319 °²	-	0.3046 °²	0.2152 °²	-	-	0.5989 °²
S	0.0636 Å °	-0.0161 Å °	-0.1062 Å °	0.1449 Å °	0.0015 Å °	-0.126 Å °	0.1976 Å °	0.1555 Å °	-0.0591 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 1120分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 6種, 1120分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 1120分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)