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- PDB-8k31: The complex of WRKY33 C terminal DBD and SIB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k31
タイトルThe complex of WRKY33 C terminal DBD and SIB1
要素
  • Probable WRKY transcription factor 33
  • Sigma factor binding protein 1, chloroplastic
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / transcriptional factor
機能・相同性
機能・相同性情報


camalexin biosynthetic process / systemic acquired resistance / cellular heat acclimation / cellular response to light stimulus / response to water deprivation / response to osmotic stress / defense response to fungus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to salt stress / positive regulation of autophagy ...camalexin biosynthetic process / systemic acquired resistance / cellular heat acclimation / cellular response to light stimulus / response to water deprivation / response to osmotic stress / defense response to fungus / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / response to salt stress / positive regulation of autophagy / response to cold / chloroplast / cellular response to heat / response to heat / transcription cis-regulatory region binding / defense response to bacterium / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
VQ / Sigma factor binding protein 1/2 / VQ motif / WRKY transcription factor, plant / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable WRKY transcription factor 33 / Sigma factor binding protein 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Dong, X. / Gong, Z. / Hu, Y.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21991083 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2016YFA0501201 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the regulation of plant transcription factor WRKY33 by the VQ protein SIB1.
著者: Dong, X. / Yu, L. / Zhang, Q. / Yang, J. / Gong, Z. / Niu, X. / Li, H. / Zhang, X. / Liu, M. / Jin, C. / Hu, Y.
履歴
登録2023年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sigma factor binding protein 1, chloroplastic
B: Probable WRKY transcription factor 33
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6883
ポリマ－22,6232
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 240structures with the lowest energy
代表モデルモデル #20lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sigma factor binding protein 1, chloroplastic / AtsibI / Sigma factor binding protein I / SigA binding protein / VQ motif-containing protein 23 / AtVQ23


分子量: 11125.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SIB1, VQ23, At3g56710, T8M16.40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LDH1
#2: タンパク質 Probable WRKY transcription factor 33 / WRKY DNA-binding protein 33


分子量: 11496.876 Da / 分子数: 1 / Mutation: D15C,K34C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: WRKY33, At2g38470, T19C21.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8S8P5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 30 mM MES, 50 mM sodium chloride, 20 uM ZINC ION, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
30 mMMESnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
20 uMZINC IONnatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称開発者分類
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 240 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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