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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k2m
タイトルCrystal structure of Group 4 Monosaccharide-releasing beta-N-acetylgalactosaminidase NgaP2 from Paenibacillus sp. TS12 in complex with GalNAc-thiazoline
要素Monosaccharide-releasing beta-N-acetylgalactosaminidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase
機能・相同性BROMIDE ION / Chem-GNL
機能・相同性情報
生物種Paenibacillus sp. TS12 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Sumida, T. / Fushinobu, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K05398 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20K15444 日本
Mizutani Foundation for GlycoscienceFT100100291 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Genetic and functional diversity of beta-N-acetylgalactosamine-targeting glycosidases expanded by deep-sea metagenome analysis.
著者: Sumida, T. / Hiraoka, S. / Usui, K. / Ishiwata, A. / Sengoku, T. / Stubbs, K.A. / Tanaka, K. / Deguchi, S. / Fushinobu, S. / Nunoura, T.
履歴
登録2023年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monosaccharide-releasing beta-N-acetylgalactosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8884
ポリマ－66,5091
非ポリマー3793
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area23210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.975, 61.608, 100.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Monosaccharide-releasing beta-N-acetylgalactosaminidase


分子量: 66508.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus sp. TS12 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GNL / (3aR,5R,6R,7R,7aR)-5-(hydroxymethyl)-2-methyl-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol


分子量: 219.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13NO4S
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium Bromide, 0.1 M Bis-Tris pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.15 Å / Num. obs: 74805 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 3646 / CC1/2: 0.987

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→47.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.495 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1945 3800 5.1 %RANDOM
Rwork0.16848 ---
obs0.1698 70898 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0 Å20.44 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→47.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4530 0 16 425 4971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0124684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6961.6466373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5931.5639695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6615558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg11.668526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.06110747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02990
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0062.2722235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0052.2722235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8223.4062792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8223.4082793
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4042.6012449
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4032.6012450
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1473.7523582
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.11328.0134912
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.02526.9854850
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 273 -
Rwork0.292 5151 -
obs--97.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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