PDB-8k2e: Crystal structure of YTHDC1 and Y3 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k2e

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 and Y3 complex

要素

YTH domain-containing protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / mRNA splice site recognition / dosage compensation by inactivation of X chromosome / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zhang, H.L. / Yang, S.Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat. Mach. Intell. / 年: 2024
タイトル: PocketFlow is a data-and-knowledge-driven structure-based molecular generative model
著者: Jiang, Y. / Zhang, G. / You, J. / Zhang, H. / Yao, R. / Xie, H. / Zhang, L. / Xia, Z. / Dai, M. / Wu, Y. / Li, L. / Yang, S.

履歴

登録	2023年7月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k2e.cif.gz	183.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k2e.ent.gz	119.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/8k2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/8k2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: YTH domain-containing protein 1

A: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.644, 103.515, 41.815
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.425, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 343 through 377 or resid 379...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 343 through 377 or resid 379...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	GLY	GLY	TRP	TRP	A	B	343 - 377	1 - 35
d_1	2	THR	THR	GLY	GLY	A	B	379 - 422	37 - 80
d_1	3	SER	SER	TRP	TRP	A	B	424 - 447	82 - 105
d_1	4	CYS	CYS	ASN	ASN	A	B	449 - 466	107 - 124
d_1	5	HIS	HIS	MET	MET	A	B	468 - 507	126 - 165
d_2	1	GLY	GLY	TRP	TRP	B	A	343 - 377	1 - 35
d_2	2	THR	THR	ALA	ALA	B	A	379 - 432	37 - 90
d_2	3	MET	MET	TRP	TRP	B	A	434 - 447	92 - 105
d_2	4	CYS	CYS	ASN	ASN	B	A	449 - 466	107 - 124
d_2	5	HIS	HIS	MET	MET	B	A	468 - 507	126 - 165

#1: タンパク質	YTH domain-containing protein 1 / Splicing factor YT521 / YT521-B 分子量: 18615.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDC1, KIAA1966, YT521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-VIM / 2-chloranyl-6-(4-fluoranylphenoxy)benzoic acid 分子量: 266.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₈ClFO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris at pH 6.5, 0.2M ammonium sulfate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.978 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 43363 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 12.52 Å² / CC_1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 0.969 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 291216

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	5.9	0.449	2127	0.883	0.968	0.2	0.494	0.939	100
1.63-1.66	6.3	0.414	2177	0.918	0.978	0.178	0.452	0.942	100
1.66-1.69	6.8	0.364	2140	0.941	0.985	0.151	0.395	0.971	100
1.69-1.72	6.5	0.309	2182	0.95	0.987	0.131	0.336	0.973	100
1.72-1.76	6.8	0.266	2177	0.962	0.99	0.109	0.288	0.979	100
1.76-1.8	6.9	0.235	2170	0.97	0.992	0.096	0.254	1.001	100
1.8-1.85	6.8	0.205	2133	0.974	0.993	0.084	0.222	1.004	100
1.85-1.9	6.7	0.175	2190	0.976	0.994	0.073	0.19	1.013	100
1.9-1.95	6.6	0.153	2132	0.981	0.995	0.064	0.167	1.046	100
1.95-2.02	6.7	0.14	2155	0.984	0.996	0.058	0.152	1.018	100
2.02-2.09	6.7	0.124	2213	0.985	0.996	0.051	0.135	1.056	100
2.09-2.17	7	0.115	2133	0.987	0.997	0.047	0.124	1.02	100
2.17-2.27	6.8	0.109	2165	0.986	0.997	0.045	0.118	1.043	100
2.27-2.39	6.5	0.102	2156	0.985	0.996	0.043	0.111	0.998	100
2.39-2.54	6.8	0.1	2191	0.986	0.996	0.041	0.108	0.962	100
2.54-2.74	7	0.094	2158	0.989	0.997	0.038	0.102	0.924	100
2.74-3.01	7	0.089	2202	0.99	0.998	0.036	0.096	0.887	100
3.01-3.45	6.7	0.084	2156	0.989	0.997	0.035	0.091	0.862	100
3.45-4.34	7	0.082	2186	0.991	0.998	0.033	0.089	0.845	100
4.34-50	6.7	0.081	2220	0.992	0.998	0.034	0.088	0.911	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-3000	7.21	データスケーリング
PHASER	2.7	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→31.71 Å / SU ML: 0.1812 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.4875
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	2136	4.94 %
R_work	0.1855	41062	-
obs	0.1875	43198	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2555	0	46	275	2876

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0149	2688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3315	3643
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0826	397
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.3447	353

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.968831611012 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.253	138	0.2109	2599	X-RAY DIFFRACTION	95.7
1.64-1.68	0.2481	129	0.2103	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.68-1.72	0.2518	137	0.2045	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.72-1.77	0.2313	143	0.1962	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.77-1.83	0.2322	154	0.1948	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.9	0.2212	125	0.1898	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.9-1.97	0.242	131	0.1981	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.06	0.2532	145	0.1943	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.17	0.2166	144	0.1929	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.31	0.2189	149	0.1811	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.49	0.2224	140	0.1888	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.73	0.244	167	0.2017	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-3.13	0.221	140	0.1982	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.13-3.94	0.2374	136	0.1681	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-31.71	0.1773	158	0.1586	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 11.922301416 Å / Origin y: 9.43863791641 Å / Origin z: 8.174750024 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0461836233711 Å²	0.000778095049528 Å²	-0.00407424123539 Å²	-	0.0555654105963 Å²	0.00269744773242 Å²	-	-	0.0489934141353 Å²
L	0.161673240843 °²	0.203665616305 °²	-0.103361898257 °²	-	0.586605810962 °²	-0.191789549305 °²	-	-	0.136387535279 °²
S	-0.0200003926128 Å °	0.0511732025673 Å °	0.00668334792649 Å °	-0.0276753811377 Å °	0.0426701411503 Å °	0.0836169163549 Å °	-0.0277717613082 Å °	-0.00157040832244 Å °	0.00782749665256 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)