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- PDB-8k1y: Crystal structure of human serum albumin and ruthenium Val comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k1y
タイトルCrystal structure of human serum albumin and ruthenium Val complex adduct
要素Albumin
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / Human serum albumin / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRIC OXIDE / PALMITIC ACID / RUTHENIUM ION / VALINE / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Gong, W.J. / Xie, L.L. / Wang, W.M. / Wang, H.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)62075118 中国
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2024
タイトル: Insight into the anti-proliferation activity and photoinduced NO release of four nitrosylruthenium isomeric complexes and their HSA complex adducts.
著者: Shi, J. / Xie, L. / Gong, W. / Bai, H. / Wang, W. / Wang, A. / Cao, W. / Tong, H. / Wang, H.
履歴
登録2023年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,89017
ポリマ－66,5711
非ポリマー2,31916
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area29520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.004, 38.418, 95.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Albumin / HSA


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768

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非ポリマー , 8種, 156分子

#2: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#3: 化合物 ChemComp-VAL / VALINE / バリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-RU / RUTHENIUM ION


分子量: 101.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ru
#6: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium hydrogen phosphate,25%PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 35805 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.972 / CC star: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.154 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 147064
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.194.10.61917490.8730.9660.3470.7120.50299.3
2.19-2.234.20.53117860.9120.9770.2950.610.49699.6
2.23-2.274.20.47518210.9020.9740.2680.5480.5399.4
2.27-2.324.20.39717590.930.9820.2210.4560.55999.3
2.32-2.374.10.32917890.9380.9840.1840.3780.56299.3
2.37-2.4240.27517840.9570.9890.1550.3170.61398.7
2.42-2.483.80.23917410.9550.9880.140.2780.6798
2.48-2.553.90.21717730.9520.9880.1270.2530.68297.9
2.55-2.624.30.20217870.9540.9880.1120.2320.76199
2.62-2.714.30.17517830.9730.9930.0970.2010.83699.1
2.71-2.814.20.15118020.9810.9950.0850.1740.89299.1
2.81-2.924.20.13717900.980.9950.0760.1581.03799.2
2.92-3.054.20.12217970.9760.9940.070.1411.12299.1
3.05-3.213.90.10818010.9770.9940.0640.1271.37497.4
3.21-3.4140.09417660.9860.9960.0540.1091.6898.3
3.41-3.684.30.08917940.9840.9960.050.1022.03299.3
3.68-4.054.20.08218110.9860.9970.0460.0942.19699
4.05-4.6340.07418040.9860.9960.0430.0862.33897.9
4.63-5.8340.07318000.9840.9960.0420.0852.07996.6
5.83-503.90.06618680.990.9980.0390.0772.08895.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→34.15 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2686 1804 5.09 %
Rwork0.2251 --
obs0.2273 35465 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→34.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4606 0 148 140 4894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024831
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5146475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.865709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003832
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.210.39511420.32482525X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.270.36081400.30882596X-RAY DIFFRACTION99
2.27-2.350.34821450.28812540X-RAY DIFFRACTION99
2.35-2.430.39231420.27812576X-RAY DIFFRACTION99
2.43-2.530.33571370.26972554X-RAY DIFFRACTION98
2.53-2.640.33061340.27432585X-RAY DIFFRACTION99
2.64-2.780.27711300.26392623X-RAY DIFFRACTION99
2.78-2.960.34021340.27912616X-RAY DIFFRACTION99
2.96-3.180.35851440.27672548X-RAY DIFFRACTION98
3.18-3.50.32161490.24932600X-RAY DIFFRACTION98
3.5-4.010.26231470.21022598X-RAY DIFFRACTION99
4.01-5.050.20041300.17292584X-RAY DIFFRACTION97
5.05-34.150.17371300.17812716X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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